手把手教您使用10x单细胞硬核软件loupe(三)

叮铃铃~~~

loupe软件视频学习时间又到啦!

今天就是本学期最后一部分内容咯~

前两期内容掌握了吗?

自己在实操中有没有一些新的发现呢?

我们一起来复习一下吧~

新的内容又来啦

一、多样本比较分析

软件教程1

上期小编给大家介绍了在AGGR结果中整体比较两个样本的方法,今天我们一起来学习如何查看AGGR结果中同一亚群不同样本间的差异。

AGGR部分两个重要功能就给大家介绍完了。

二、查看免疫组库结果

免疫组库项目中,我们每个样本会建3个文库,分别进行测序,给出的结果中这3部分也是分开的。可能老师拿到结果后会比较迷茫,不知道这3部分的结果怎么联合起来去看,不要捉急,小编马上来为您解答。

软件教程2

我们可以将5’表达与TCR、BCR相互导入进行分析,这样既可以查看整个样本中哪些细胞表达了TCR、BCR,也可以查看在某个亚群中细胞表达TCR、BCR的情况,同时还可以基于克隆型重建细胞亚群。

软件教程3

拿到实验结果后,我们可能会想要比较治疗前后或者患病前后两个样本TCR、BCR的差异,看看哪些克隆型发生了变化,这个功能在loupe中的比较模式就可以实现,我们一起来学习一下。

免疫组库部分的两个重要功能我们就一起学习完了。

截至目前,可以在loupe软件中实现的8大重要功能就给大家全部介绍完毕,后续软件如有更新,或者小编又探索到了新的分析内容,会第一时间来跟大家分享。

下面我们一起来划个重点总结一下吧~

本学期重点:

1、从loupe导出差异表达基因列表和热图

2、使用3种方法定义细胞亚群

3、查看AGGR结果

4、查看免疫组库实验结果

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