cytoscape使用方法_Cytoscape的使用方法（带图片解析）

最近在做 络构建的课题，用到了cytoscape软件，所以把软件的用法总结了一下。

cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室，加州大学旧金山分校的BruceConklin实验室，Pasteur研究院的Benno Schwikowski实验室，Memorial_Sloan-Kettering癌症研究中心的Chris Sander实验室，Institute forSystems Biology的Leroy Hood实验室。

首先这个软件是基于JAVA的一款多功能软件，在安装好相应版本的JAVA之后，安装的cytoscape才可以正常运行。

一、输入文件

支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一样的)，csv(逗 分隔的)，xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的 络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

figure 2

可以导入，可以用来解决我们上面的问题，将edge文件中的数字替换成可视化的简单的基因名字。

二、导入数据

打开软件之后出现如下界面：

figure 4

用户界面：

figure 6

figure 8

figure 10

三、高级功能

1、调整样式

(1)基本样式

figure 12

(2)节点样式

figure 14

figure 16

figure 18(来自 络)

2、改节点名称

figure 20(来自 络)

4、调控 络各项指标统计

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5、改变节点大小

这里需要强调很重要的一点是，在对这里的改变节点大小进行操作之前，如果是想通过节点连接的边的数量进行梯度设定的话，是必须要进行上面第四步的统计分析的，否则没有Degree选项出现：

figure 24

四、选择过滤

1、节点的选择

节点的选择可以通过将目标节点放在一个文件中导入，如果节点数少的话可以手动点选：

figure 26

figure 28

七、表达分析

Cytoscape还可以导入基因的表达值，将不同的表达值进行颜色的梯度展示，由于我的分析没有这部分数据所以将 络上学到的图片做了几个截图：

figure 30

figure 32

figure 34

figure 36

figure 38

figure 40

此外，基于大量功能强大的插件的开发，以下的功能也很全面：

GO分析：

BiNGO

Pathway分析：

CytoKegg

、KEGGscape等

模块与复合物分析：jActiveModules+BiNGO

相关资源：c#编写的鸡兔同笼程序