DnaMan使用教程
一、将待分析序列装入Channel
1、通过File|Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为 channel1)可以通过激活不同的channel(例如:channel5)来改变序列装入的Channel
2、通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数
二、以不同形式显示序列
1、通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框
2、根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式,可选择:
1)显示序列和成分
2)显示待分析序列的反向序列
3)显示待分析序列的反向互补序列
4)显示待分析序列的互补序列
5)显示待分析序列的双链序列
6)显示待分析序列的对应RNA序列
3、参数说明如下
Results 分析结果显示
其中包括:
Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)
Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标DNA 特性)
circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析, 如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。
三、序列同源性分析
1)两序列同源性分析
1、通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框
2、参数说明如下
Alignment method 比对方法,通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对),当选择快速比对时,设置较小的k-tuple 值,可以提高精确度,当序列较长时,一般要设置较大的k-tuple 值。(dna 序列:k-tuple 值可选范围2—6;蛋白质序列:k-tuple 值可选范围1—3
2)多序列同源性分析
1、通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框
2、参数说明如下
a、从文件中选择参加比对的序列
b、从文件夹中选择参加比对的序列
c、从channel 中选择参加比对的序列
d、从数据库中选择参加比对的序列
e、清除选择的序列(鼠标点击左边显示框中的序列名选择)
f、清除全部序列
软件获取地址【 leleyj.ltd 】
安装步骤
1、双击.exe文件进入DNAMAN安装导向界面,点击【Next】继续安装。
2、进入安装协议界面,点击【I accept the agreement】,然后点击【next】。
3、选择安装位置,点击【next】,软件会默认安装,或者您可以点击【Browse】,弹出安装位置界面,您可以自己选择安装位置,选择完成后点击【NEXT】。
4、准备安装,您可以检查一下软件安装位置是否正确,如果正确点击【Install】。
5、软件正在安装中,您需要耐心等待软件安装。
6、软件安装完成,点击【finish】退出软件安装。
汉化教程
1、安装完成后将汉化补丁复制到安装目录下替换源文件即可,一般默认安装目录为:C:Program Files (x86)DNAMAN。
2、双击_patch.exe,点击【下一步】。
3、点击【开始】就可以。
4、软件会自动汉化,点击确定就可了。
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