DNA芯片数据分析软件大盘点，藏起！

毛博在上一节谈到了DNA芯片的数据分析方法。其实，在这个信息时代，这些工作都可以由计算机来完成。随着大数据概念被炒得热火朝天，DNA芯片表达数据的分析软件的开发已越来越受到科学家和开发商的重视，不断有新的统计方法软件推出。下面，毛博为大家简单介绍一下这些常用的软件。对于免费软件，还有下载链接附送。

1ArrayVision 7.0

这是一款功能强大的商业版DNA芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便的protocol的管理功能强大。不过美中不足的是太贵啦。商业版的价格是6900美元。确实挺贵的。如果不是土豪实验室的话，真心不建议买这么高大上的软件。

2Array Pro 4.0

这是Media Cybernetics公司的产品。提到这个公司大家不一定知道。但是提到这个公司的一个著名的产品，大家十有八九听说过。这就是大名鼎鼎的：Image Pro。相信做过免疫组化的童鞋们都知道这个软件。

3ScanAlyze 2.44

这是美国斯坦福大学开发的DNA芯片阅读软件，能够进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出格式为分隔的文本格式，可以很容易地转化为任何数据库的格式。

4Cluster

这又是一个斯坦福大学开发的软件。能够对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理。这个软件有一个好处。就是免费。

下载地址如下：http://smd.princeton.edu/resources/restech.shtml

5TreeView 1.5

又是斯坦福大学开发的一款软件。是专门用来显示Cluster软件分析后产生的图形化结果。现在已经和Cluster成为了基因芯片处理的标配软件。根据毛博自己的经验，其实一个Cluster，一个Treeview，双剑合璧，对付一般的基因芯片分析就足够啦。对了，Treeview也是免费的。

下载地址如下：http://smd.princeton.edu/resources/restech.shtml。

6GeneSpring

安捷伦公司开发的经典基因芯片分析软件，已经迭代到了12.0版本。在新的版本里面加入了多组学分析功能。一般使用的话，只需要把DNA芯片实验数据结果导入即可。安捷伦公司提供了20天免费试用版。注意：这个免费试用版和正式版的功能是完全一样的。从这一点来说，安捷伦公司还是比较厚道的。

下载链接如下：http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=2141&_requestid=41021

7Array Designer 2.00

最后，再友情赠送大家一个软件。这个软件不是DNA芯片数据分析软件，而是DNA芯片引物设计软件。也是非常常用的，只要做DNA芯片方面的实验，难免要设计引物。用Array Designer 2.00设计引物，还是很好用的。这算是DNA微矩阵（microarray）软件，可以批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。 上可以下载免费试用版的。

下载地址如下：http://www.premierbiosoft.com/jsp/customer/RequestEvaluation.jsp

综上所述，DNA芯片的数据分析可以方便地通过软件来实现。如果是像毛博当年那种屌丝实验室的话，本着省着点儿花的精神，可以下载一些免费软件来使用。这里，毛博还是隆重推荐Cluster和Treeview。