分子模拟软件amber_[gromacs使用教程] 基于amber力场模拟蛋白小分子复合物

祥请参考官 教程，使用其中的mdp参数文件(均100ps)，案例只考虑模拟顺利，暂不考虑合理性。

平台：windows

软件：gaussina16, ambertools, gromacs2019.6, notepad++, spdbv4.10

蛋白文件：4w52.pdb(配体选用EPE)

小分子amber力场及坐标文件构建

蛋白的修复

使用Notepad++删除小分子，水，保存文件为4w52_clean.pdb

使用spdbv4.10补全丢失原子

直接用spdb4.10打开4w52_clean.pdb文件即可补齐原子，并保存为4w52_all.pdb文件。

蛋白amber力场及坐标文件构建

使用AMBER99SB-ILDN力场

gmx pdb2gmx -f 4w52_all.pdb -o 4w52.gro -ignh -water tip3p

该步骤得到4w52.gro, posre.itp和topol.top文件

EPE.top文件，可以参考教程构建成EPE.itp文件，再学习教程构建成topol.top文件。本次案例鉴于小分子原子个数不大，故将EPE.top组合到topol.top文件中。

操作：将EPE.top中[ atomtypes ]—>[ dihedrals ] ; propers含有的所有信息复制到#include “amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp”之后：(如下图)

最后修改：

用vmd观察：(氢键)

具体文件可从该 址下载参考：

https://gitee.com/PharmDesign/gromacs_amber

相关资源：褀祥电子,捷灵通ST-628写频软件-其它代码类资源-CSDN文库