MetaPhlAn2-宏基因组分类谱工具

 参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1110159.html

MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，它在宏基因组研究中非常有用，只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤，此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。

MetaPhlAn2安装（手动安装）

wget https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2/get/default.zip

unzip default.zip

mv biobakery-metaphlan2-5175d8783801 metaphlan2

cd metaphlan2/

export PATH=`pwd`:`pwd`/utils:$PATH

export mpa_dir=`pwd`

metaphlan2.py -v # MetaPhlAn version 2.7.6

官 安装：

https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2#rst-header-input-files

http://linuxbrew.sh/

https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2/overview#markdown-header-metagenomic-strain-level-population-genomics

https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/strainphlan

Install Linuxbrew

 通过brew安装

安装biom（通过python，用R语言一直失败）：

MetaPhlAn2练习：

Input files

配置好环境后，官 上的分析均可以实现。