MetaPhlAn2-增强版宏基因组分类谱工具

简介

MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，它在宏基因组研究中非常有用，只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤，此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。

主页：http://segatalab.cibio.unitn.it/tools/metaphlan2/

MetaPhlAn2可以基于宏基因组数据，获得微生物群体中种水平精度的组成，包括细菌、古菌、真核生物和病毒。如果有株水平基因组的物种，也可以追踪和研究。

MetaPhlAn2整理了超过17000个参考基因组，包括13500个细菌和古菌，3500个病毒和110种真核生物，汇编整理了100万+类群特异的标记基因，可以实现：
– 精确的分类群分配
– 准确估计物种的相对丰度
– 种水平精度
– 株鉴定与追踪
– 超快的分析速度

按各样本丰度绘制热图，显示前25种高丰度菌种类，样品默认采用bray_curtis距离聚类，微生物采用相关性距离聚类；数值采用对数10进行变换

自定义数据库

基于bowtie2数据库重建标记序列

追求你获得的maker至数据库

并在python命令行中添加相应的物种注释信息，详见 https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2/overview#markdown-header-customizing-the-database

株水平群体基因组

此步配合StrainPhlAn软件，分析宏基因样本中菌株水平序列变异，输入序列样本，输出MSA多序列比对文件。StrainPhlAn采用RAxML构建进化树。

可以生成如下结果：

进一步学习

可参考metaphlan2官方教程

https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2

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