各位大神们，我是一个刚刚开始进行生物信息分析实验的本科生，我需要做一个宁夏枸杞ACS基因的电子克隆，但是貌似NCBI的数据库里没有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄来进行电子克隆。
但是刚刚开始就遇到了很多的问题，自己学习了和了解很多关于电子克隆的相关内容，但是很多前辈说的比较深入，使得我不明白其中的一些具体步骤的操作问题，日夜的琢磨效率总也提不起来，我实在是没办法了，好无奈啊！真心想在最后作一篇优秀论文出来，所以想到应该在此求助各位大神细心指导一下，在下真心感激，感激不尽啊！
在提主要问题之前，先请教一下大神几个概念的区别：1、聚类与拼接的具体关系和区别；2、unigene和unigene cluster；3、电子克隆时，在选择BLAST比对检索出来的序列时，需要注意哪些指标(或者是BLAST后结果中列表里显示的各个参数“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎样的范围才是最能选用的序列)p>
我目前遇到的主要问题是：
1、找到一条相关的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上进行相应对库检索，开始检索前，应该怎样选择检索数据库(选dbEST吗默认就行 找到相似度最高的一条序列之后将其与种子序列进行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至无法再衍生，还是在拼接之前要对序列进行哪些处理呢/p>
2、有的教材上说可以通过unigene检索EST以及下载unigene cluster之类的方法又是几个意思呢/p>
3、在比对序列和构建进化树时，用MEGA6.0 应该比较合适的吧者还需要其他什么软件吗/p>
4、在聚类 拼接 序列时，大神推荐个拼接软件吧！最近看的资料和教材比较多，用的都是各种不同的软件，因为没用过Linux系统，只用window系统，我试着用过DANstar 的SeqMan来拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要对序列进行处理吗要做哪些处理类和拼接的区分到底分别是哪几部分操作/p>
问题有些多，没办法，实在是不得不问，不然做不出来啊！请大神多多教导啊！实在感激不尽！
目前最主要的疑问就是上述的，还有其他问题再和各位大神求助！我想好好做一篇毕业论文，希望大家多多帮助！对所有的帮助者我都十分感谢！各位大神们，我是一个刚刚开始进行生物信息分析实验的本科生，我需要做一个宁夏枸杞ACS基因的电子克隆，但是貌似NCBI的数据库里没有我需要的EST序列，所以只能采用同科的番茄来进行电子克隆。
但是刚刚开始就遇到了很多的问题，自己学习了和了解很多关于电子克隆的相关内容，但是很多前辈说的比较深入，使得我不明白其中的一些具体步骤的操作问题，日夜的琢磨效率总也提不起来，我实在是没办法了，好无奈啊！真心想在最后作一篇优秀论文出来，所以想到应该在此求助各位大神细心指导一下，在下真心感激，感激不尽啊，我把我全部的金币都拿来作为奖励了。
在提主要问题之前，先请教一下大神几个概念的区别：1、聚类与拼接的具体关系和区别；2、unigene和unigene cluster；3、电子克隆时，在选择BLAST比对检索出来的序列时，需要注意哪些指标(或者是BLAST后结果中列表里显示的各个参数“Max score、Total score、Query cover、E value、Ident、Accession”符合怎样的范围才是最能选用的序列)p>
我目前遇到的主要问题是：
1、找到一条相关的番茄ACS的EST序列，下一步是直接在NCBI的BLAST上进行相应对库检索，开始检索前，应该怎样选择检索数据库(选dbEST吗默认就行 找到相似度最高的一条序列之后将其与种子序列进行拼接，之后再BLAST，再拼接，直至无法再衍生，还是在拼接之前要对序列进行哪些处理呢/p>
2、有的教材上说可以通过unigene检索EST以及下载unigene cluster之类的方法又是几个意思呢/p>
3、在比对序列和构建进化树时，用MEGA6.0 应该比较合适的吧者还需要其他什么软件吗/p>
4、在聚类 拼接 序列时，大神推荐个拼接软件吧！最近看的资料和教材比较多，用的都是各种不同的软件，因为没用过Linux系统，只用window系统，我试着用过DANstar 的SeqMan来拼接序列。另一方面就是前面提到的拼接前需要对序列进行处理吗要做哪些处理类和拼接的区分到底分别是哪几部分操作/p>
问题有些多，没办法，实在是不得不问，不然做不出来啊！请大神多多教导啊！实在感激不尽！
目前最主要的疑问就是上述的，还有其他问题再和各位大神求助！我想好好做一篇毕业论文，希望大家多多帮助！对所有的帮助者我都十分感谢！
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