熟悉的p53，不一样的分析

Bioinformatics Analysis Identifies p53 as a Candidate Prognostic Biomarker for Neuropathic Pain

一.研究背景

神经性疼痛（NP）是由神经系统损伤引起的一种慢性疼痛，它的发病机制很复杂，仍然缺乏有效的治疗药物。最近的研究表明，周围神经损伤可以改变初级感觉神经的基因表达。因此，研究周围神经损伤后脊髓背角的基因表达对于探索NP的潜在机制并为NP提供有效的治疗策略非常重要。

二.分析流程

三.结果解读

1.数据标准化

图1.显示了数据标准化后每个小鼠DRG（脊根神经节）组织样品的基因表达情况

图2.DEGs的层次聚类分析

3.通路和功能富集分析

图3.通路和功能富集分析

4.PPI 络分析

图4A：使用BioGRID，InWeb_IM和OmniPath数据库，将鉴定出的DEGs编码的蛋白质作PPI 络分析。

图4B：使用MCODE插件来识别PPI 络中的重要模块（以及相关的单个基因），p53被识别为hub基因。

图4.PPI 络分析和MCODE识别模块

5.CCI（慢性收缩损伤）后鼠行为的改变以及p53和Caspase-3的表达

CCI会诱发小鼠持续的异常性疼痛和痛觉过敏。图5A：与假手术组小鼠相比，CCI小鼠从手术后第3天PWL（缩足反应潜伏期）开始缩短。

图5B：CCI、假手术组术后第7天的p53和caspase-3表达的蛋白质印迹分析。并将p53和caspase-3的倍数变化标准化为GAPDH（甘油醛3-磷酸脱氢酶）水平。

图5C：p53和caspase-3表达的定量分析。

图5D：p53（红色）代表性的免疫荧光染色及其在DRG组织中与神经元（NeuN，绿色）的共定位。

图5E：caspase-3（红色）的代表性免疫荧光染色及其在DRG组织中与神经元（NeuN，绿色）的共定位。

图5F,G：DRG组织中p53阳性和caspase-3阳性细胞的定量分析。

图5.CCI诱发的痛觉过敏以及DRG神经元中p53和caspase-3的表达

6.p53抑制剂降低CCI小鼠中p53蛋白表达并减轻热痛觉过敏

图6A：与CCI + DMSO组相比，Pifithrin-α组减缓了PWL的下降。

图6B：p53和caspase-3表达的蛋白质印迹分析

图6C：p53和caspase-3表达的定量分析。

图6D：p53（红色）的代表性免疫荧光染色及其在DRG组织中与神经元（NeuN，绿色）的共定位。

图6E：aspase-3（红色）的代表性免疫荧光染色及其在DRG组织中与神经元（NeuN，绿色）的共定位。

图6F,G：CCI小鼠神经鞘内注射Pifithrin-α第7天时，DRG组织中p53阳性和caspase-3阳性细胞的定量分析。

图6.pifithrin-α抑制（p53抑制剂）减轻DRG神经元的疼痛以及降低p53和caspase-3的表达