目前检测DNA甲基化的方法众多，主要可以分为以下几类（如表1所示）：
随着测序技术的发展，二代测序技术已逐渐成为检测DNA甲基化的重要流行方法，最具代表性的就是亚硫酸氢钠测序。经过亚硫酸氢钠处理的DNA序列，甲基化的碱基C保持不变，而未甲基化的碱基C则转换为U，具体如下图所示：
质控后，就可以进行下游甲基化检测分析，目前已有多款软件可用于处理DNA甲基化测序数据，具体如下表所示：
最近，有一款新的强大软件RnBeads 2.0开发出来**，既可分析甲基化芯片数据，也可分析甲基化测序数据，且可完成一整套分析并最终可以输出结果的详细统计信息**，具体如下图所示：
RnBeads的设计流程示意图（Müller et al. Genome Biology, 2019）
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