python 进化树_SCHISM 构建克隆进化树

SCHISM介绍

SCHISM是一种计算工具，旨在推断亚克隆层次结构和肿瘤从体细胞突变的演变。推理过程涉及肿瘤进化的两个基本属性的计算评估：谱系优先规则和谱系分歧规则

SCHISM软件安装

https://github.com/KarchinLab/SCHISM/wiki/Installation

这个链接给的安装方法还是比较全的，但是我点进去一看是很长的英文就头大，大概意思是可用docker 安装，里面的包比较全，但要先安装Docker-Toolbox，也可以直接下载的安装包，下载安装包也分两种情况，

从github下载安装包： https://github.com/Niknafs/SCHISM/releases

python setup.py sdist

pip install dist/SCHISM-1.1.0.tar.gz

非github下载安装包： http://karchinlab.org/apps/appSchism.html

pip install SCHISM-1.1.0.tar.gz

安装前要先安装依赖包：

numpy >= 1.7.1            conda install numpy=1.11.3

scipy >= 0.12.0             已安装

matplotlib >= 1.2.0        已安装

pyYAML >= 3.11           已安装

python-igraph>=0.7.0   conda install -c conda-forge python-igraph

sklearn >= 0.14             conda install scikit-learn

安装完成后可以检查一下是否已成功安装：

python -c “import SCHISM; print SCHISM.__version__”

SCHISM使用方法

schism主要用于肿瘤进化树的构建，有两种使用模式：Sequential mode 和Step-Through mode (github 上面写的很详细，不过需要花时间去专研，希望我的分享可以节约大家专研的时间)

命令行使用：runSchism [Argument] [options]

Sequential mode这个模式是一步到位的分析，只要给出相应的输入文件，软件就会直接给出最终的分析结果

使用方法：runSchism analyze -c  E1.yaml(参数设置文件,可参考链接中的实例E1)

Step-Through mode 这个模式是分步分析模式，可以选择性进行某几项内容的分析，这个模式在结合其他软件一起分析方面具有优势，SCHISM也因此和其他软件具有较高的兼容性

使用方法：

文章知识点与官方知识档案匹配，可进一步学习相关知识Python入门技能树首页概览212602 人正在系统学习中 相关资源：c#编写的鸡兔同笼程序