Graphpad，经典绘图工具初学初探

大多数科研文章都离不开图表，尤其是图，熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分，生信宝典推出R的系列教程ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)讲解通过R语言绘制高颜值图。后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，日均访问400次，累计访问数十万次，遍及世界各大洲，功能也在一直增加完善中。

后台不少朋友说有更多绘图的需求，故整理了Graphpad的使用，一是传播知识，二是向优秀软件学习，让在线绘图越来越好。 Graphpad ， Origin和SigmaPlot是科研领常用的三款统计作图软件，他们各有优缺点，经常需要配合使用。

今天给大家介绍的是Graphpad的基本使用方法

了解Graphpad的图表类型

下面是Graphpad的欢迎界面

从方框1处可知Graphpad Prism 6为用户提供了6种基本统计图表选择；方框2处是对所选类型图表的解释说明，点击查看官方帮助文档；方框3处可以选择某一类型图表下的小分类；方框4处则提供了演示数据集，方便新手入门。

操作主界面

上一步之后我们便进入了graphpad操作的主界面，

在这个界面中，可以根据自己的需求改变图的类型。初学者要敢于乱点，自己试试不同的选项，就能知道每部分是什么功能了。（）

1. Graph family：改变图表类型，就是最开始提到的6种；
2. plot individual values和plot summary data：顾名思义，前者把每组实验5个平行的值都展示到了图中，后者展示的是平均值。选择合适的分组作图方式；
3. Interleaved bars：误差棒，点击Plot下拉框，按照不同的统计分析给图加上误差棒，一般选择。

统计分析

上面初步作出的统计图并没有展示诸如组间差异的统计分析结果，那我们要怎么添加以展示组间差异呢/p>

在欢迎界面有选项，说明可以从外部导入在别处做好的统计分析结果，那是要去其他地方做好计算再来作图吗/p>

不需要！因为Graphpad上便可直接做统计分析！！！虽然可以在别的地方先做好分析，但是并不建议这样做，直接一个操作更便捷。

首先确定我们的分析目标：

1）评估细胞系之间的差异是否超过预期；
2）评估处理之间的差异是否超过预期的偶然性；
3）评估处理之间的差异是否与每种细胞系一致；
4）计算不同处理的细胞系之间差异的95％置信区间。

因此我们需要进行两因素的方差分析，点击，从Grouped分析列表中选择，并接受对话框中的所有默认选项。Graphpad人性化之处在于，会自动识别当前分析的数据结构，给用户展示出最优的默认分析选项。

上面都设置好后，点击，分析结果会展示到操作主界面，并且保存到左侧下的文件夹中。

完善改进统计图

3. 坐标轴调整

点击中的第二个图标，或者在图中双击坐标轴，调出坐标调整工具；

坐标轴整体设置和X轴设置，见图解，一般不做太多改动；

1）点击坐标设置中的（一般作图默认只生成左边的Y轴）；
2）处选择，即将Y轴断裂成两部分（根据实际数据，还可以选择将Y轴断裂成3段）；
3）在处，对下段（Bottom）和上段（Top）的Y轴分别设置参数（Rang）；
4）然后在下的处设置Y轴数值标签；

length：50%，上下段的长度各一半；
minimum：下段最小值0，上段最小值150；
maximum：下段最大值10，上段最大值200；
Major ticks：下段每格大小为2，上段每格大小为10。

这样便将Y轴10-150中间部分截掉了，整个图便显得好看多了。

4. 颜色修改

点击中的最后一个图标，或者在图中双击柱子，调出调整参数的工具框；

利用graphpad做统计图的基本操作大概就是以上这些内容，掌握一个工具的使用方法并不难，多试试便会了。难的是背后的统计学知识，如何对自己的数据选择合适的统计分析方法掌握不同分析方法适用于哪些数据结构后，便可以举一反三，对不同实验设计的数据做合适的分析了。

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