win10平台利用Open Babel批量转换小分子为pdbqt文件

本人自学,如有错漏欢迎讨论。

一、Open Babel的安装

点我即可直达下载链接,由于 站是github,所以可能需要科学上 。

下载.exe文件即可,现在电脑大部分都是64位的了。所以一般下即可。

下载完成之后双击安装即可。

二、格式转换代码

打开你存放小分子的文件夹。点一下图中所示的红色框,直接输入cmd,然后按回车。就会弹出命令提示行。

红色框框的位置
输入如下转化代码(以文件里的所有sdf文件为例)

即可转换完成。输入时注意大小写。
转换其他格式只需将改为其他的即可。

三、一点问题需要讨论

  1. 本代码使用了代替使用Autodock Tool的加氢,使用代替了设置可旋转键的操作是否正确。
  2. 由于小分子较多,使用Open Babel和Autodock Tool两个工具转换出来的效果是否一样,是否影响结果,需要进一步考虑
  3. 由于都是自学的,刚开始接触,目前来说只能说是可以完成任务。至于对不对就很难说了。 上查了半天,也没找到相关教程。而且大牛们用的都是Linux系统,win10的教程很少。
  4. 希望可以和大家一起讨论,一起学习,共同进步吧!

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