”生信修炼手册”!
GeneMark-ES软件用于预测真核生物中的蛋白编码基因,和其他预测基因结构的软件不同,它采用的是非监督算法,可以不依赖训练集进行预测。官 如下
http://exon.biology.gatech.edu/GeneMark/gmes_instructions.html
安装过程如下:
gm_key文件是软件的通行证,需要拷贝到家目录下,软件本身只需要解压缩就可以了。
基本用法如下
本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET两个功能,genemark-ES用于基因组数据的预测,geneMark-ET用于转录组数据的预测。
表示采用genemark-ES算法,指定并行的CPU个数,指定输入的fasta格式的序列。
对于真菌,有专门的参数,示例如下
默认配置下,输出文件名为, 保存在软件的安装目录,采用GTF格式来记录基因的结构信息。
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