分子对接软件大比拼

文献 道过的或者没 道过的分子对接软件有很多，很多最初都是由实验室开发，免费发布。当软件很完善，没有什么缺陷时，可能会被专门的商业软件公司购买，就变成了某个大型软件包中的模块。

其实不止分子对接软件，其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展历程。不过，其中还是有一些实验室，在商品化大潮的影响下屹立不倒，依旧免费给我们提供免费的强大的软件，甚至是源代码（source code）。

很多软件我手中都有，如果那位朋友想要，可以给我发邮件。当然，要在版权要求的范围内使用。

1、这里首先提到的是AutoDock，据官方数据显示，autodock是引用文献最多的软件（Sousa, Fernandes & Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26）。
AutoDock向外提供源代码，只要下载协议单（license agreement），签名后传真发回，就可以获得下载链接和帐 信息。目前最新版本是4.0 beta，不过正在测试中，主要测试群体是商业制药公司。对于这个新版本，大家都拭目以待。
这里有一些精美的小电影可以下载：
http://autodock.scripps.edu/movies
官方主页：
http://autodock.scripps.edu/

2、接着说DOCK。DOCK也是以源代码发布，对学术用户免费。可以向官方发邮件申请，他们会返回一个下载链接和帐 ，可以使用5次。我的运气很好，用sohu.com信箱申请，居然申请到了下载机会。当5次用完后，又出了新的版本，我再次用sohu.com信箱发邮件，声明想再多要一些登陆机会申请新版本，又获得5次机会。所以，大家如果对DOCK感兴趣，不妨发邮件，应该差不多，当然，如果用edu.cn的信箱，成功的几率会更大。
官方主页：
http://docking.org/

3、3D-DOCK。免费以源代码发布，分为三个部分：FTDock, RPScore，MultiDock。
官方主页：
http://www.bmm.icnet.uk/docking/

4、FRED，是Openeye软件包中的一个模块。Openeye软件包对学术用户免费1年，普通用户可以申请2个月的试用期。只要在线申请就可以，不需要下载申请表打印签字发传真。不过，我申请了好几次，才给了我一年的免费期。其他时间想用的时候，就只能每2个月申请一次。呵呵。不过FRED速度超快，在各种平台都可运行。
可以从这里申请试用版： http://www.eyesopen.com/forms/eval_request.php
Openeye软件包中除了分子对接软件，还有数据库筛选软件，分子格式转化软件（Babel），图形可视化软件（Vida），溶剂化工具等。
官方主页：
http://www.eyesopen.com/

官方主页：
http://www.biopharmics.com/products.html

6、HEX。免费软件，但我了解不多，不多做介绍。

7、FlexX是另一个运算速度超快的分子对接软件，收费。不过可以申请6周的试用版，速度很快。有独立运行版本，也有Sybyl软件包(Tripos Co. Ltd.)中的一个模块。
官方主页：
www.biosolveit.de/FlexX/

8、Glide。收费软件，是Maestro软件包中的一个模块。运算速度也很快。

9、GOLD。收费软件，精度很好。以前可以申请2个月的试用版，不知现在是否还可以。

10、ICM。不多说了，ICM-pro是很大型的软件包，收费，功能很强大，据说精度也很高。不过ICM-Browser是免费的，可以下载。下载链接 http://www.molsoft.com/icm_browser.html
官方主页：
http://www.molsoft.com/index.html

11、MVD。是最新出的软件，据官方数据表明是对接精度最好的软件，甚至要超过了Glide、Surflex、FlexX等软件。提供一个月的试用期。我申请后使用了一下，精度确实很高，不过运行速度很慢，按默认设置，对接一个分子需要10分钟。
从这里申请下载（在线申请，不需要下载表格打印签名发传真）：
http://molegro.com/mvd-trial.php
官方主页
http://molegro.com/

以上介绍的大多是进行大分子与小分子配体分子对接的软件。
当然，其中的一些软件也可以做大分子的对接。
目前越来越多的文献 道蛋白质－蛋白质和蛋白质－核酸的分子对接，比如ESCHER、MONTY、HADDOCK、Z-DOCK、HEX等软件，FTDOCK也可以做这方面的工作。如果有机会，这部分我会再做介绍。