TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ….

写在前面

“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的主要动机，还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样，四五年过去了。直到现在，我仍然没搞懂，这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间，专门为这个功能写教程。 络上已有的教程，均是用户们自发总结，确实已经讲解得足够清晰明白。多少，我有时看到还是有点感动，毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒，仍然是我的问题。工作以后，能静下心来写点文字的时间，越来越少。正是假期，我已然预见明天之后便是忙碌的一个月。为此，享受这最后一天。相对系统的总结一份教程，希望能减少一部分用户使用问题，也让一些朋友能够更好的使用工具。
这份教程，将会首先简单介绍界面组成，随后介绍分块功能（原名是 Amazing Optional Gene View，因为确实灵活），最后介绍全局组合。

功能界面介绍

TBtools 这个子工具的功能，比较稳健和丰富。可以先看看界面的主要组成。

可视化进化树

“Gene Structure View (Advanced)”以前的名字是“Amazing Optional Gene View”，其中最重要的是 Optional，表示这个功能非常灵活。用户可以只单独可视化某一个部分。比如只可视化进化树。

可视化基因结构

在 TBtools 中可视化基因结构，用户只需要直接下载物种数据库提供的基因结构注释信息文件，一般是几十Mb的GTF/GFF3文件，而不需要进行任何处理，就可以直接用于基因结构可视化，相应的， TBtools 需要用户至少给 ID 列表，或者进化树。因为 TBtools 会基于这些IDs信息，自动提取出对应的基因结构，随后可视化。

可视化结构域信息

很多时候，我还是比较推荐 NCBI CDD 的预测结果，我们提交预测信息上去之后，点击下载，则可以得到 文件，响应教程也请自行微信/百度/谷歌检索。以前肯定有人写过的。使用起来方便。

可视化顺式作用元件（启动子）信息

顺式作用元件的预测，目前已经有不少推文可以看到了。微信百度谷歌一检索，肯定还是能看到我以前写的教程。使用这个功能时，需要大体整理成以下格式。本例取的是 ATG 上游 1kb 的序列，提交到 PlantCARE 预测，随后整理。

在基因结构上可视化结构域特征

事实上上，上面的都比较直观，我们可以看到“基因结构”和“蛋白结构域”是分开绘制的。但事实上，蛋白结构域，本身对应的也是mRNA序列，回到基因组上，那么就是基因结构上的某一段。所以 TBtools 最初直接提供了两个输入区域，用户只需要考虑具体蛋白坐标或者mRNA坐标就可以可视化序列特征到基因组（基因结构-外显子-内含子）坐标上。此处先看看基因结构域信息。稍微整理了一下之前的 NCBI CDD 预测结果，整理格式大概是，

写在最后

没啥好说的。准入门槛越低，越是容易被误解。
“终于，我们没有改变世界，是世界改变了我们”。