大家好！

今天，给大家分享的是一个软件包。

软件包的名字是Calcium Imaging Analysis（package），钙成像分析软件包。可以用来分析，单光子、双光子钙成像数据集。

软件包这块，我准备分四部分介绍。

第一，“这个软件包，有多牛”

第二，这个软件包，有什么样的功能/p>

第三，如何使用这个软件包。

第四，哪些功能能拿过来放到数据工厂中/p>

这个工具包有多厉害

• 有三篇发表在顶期刊（Cell、Nature、Science）上的工作都引用了这个工具包。足以说明，这个工具包在业内的地位是相当受认可的。

那么这个工具包提供什么样的功能呢/p>

• calcium imaging preprocessing，钙荧光视频，预处理；
• 胞体识别；
• 活动曲线重建。（不知道是什么的
• 多天实验配准（across sessions alignment）
• 还有一些其他的和神经元活动分析相关的功能，以及和动物行为学分析相关的功能。

简单来说，既有处理，又有分析；

既包括神经元活动分析，又有行为学分析。

那么，接下来，就是今天讨论班的重点了，怎么用这个软件包。帮助自己处理和分析实验数据。

这个软件包，包含了五个模块：

其中，粉色模块代表的是，需要纯手工参与的部分；

白色模块代表的是，自动处理环节，或者批处理环节；

粉白两掺模块代表的是，半自动处理环节。

第一模块，输入数据。（可以load tif文件，也可以load .h5文件）

第二模块，Video Processing，视频预处理，有降采样，去抖动，时间滤波，矫正错误帧，转换成DeltF/F视频等。

第三模块，胞体识别；

第四模块，跨天的分析；

第五模块，执行一些实验相关的分析；

软件的安装步骤：

第一步，下载这个软件包，下载地址是：

https://github.com/bahanonu/calciumImagingAnalysis

可以看到，成功加载了4个文件夹。

配置算法参数1

By Subjet还是Folder

算法开始跑起来了：

“ Computing ICA weights”

可以看到胞体识别的结果

用matlab，看

实验三：多天胞体配准实验（未完成）

参考文献：

https://bahanonu.github.io/calciumImagingAnalysis/alldocs/

https://bahanonu.github.io/calciumImagingAnalysis/alldocs/

https://bahanonu.github.io/calciumImagingAnalysis/install/

https://bahanonu.com/syscarut/about/

https://github.com/bahanonu/calciumImagingAnalysis