工欲善其事必先利其器，利用计算机模型来研究各种问题，必然需要掌握多种建模和分析软件。这期收集了一系列分子生物学和生物信息学软件用于分子三维显示和处理。总有一款适合你，建议收藏~

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RasMol

观看生物分子3D微观立体结构的软件，可以旋转，以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。非常有名！

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Discovery studio visualizer

BIOVIA DiscoveryStudio 观察仪是一个免费、功能丰富的用于观看、共享和分析蛋白质和小分子数据的分子建模应用程序。专家和他们的同事可以无缝、高效地交流成果，不损失时间和科学信息。

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ICM-Browser

分子可视化，可以与Powerpoint和web完全交互，发布高质量图像，显示配体结合口袋表面，氢键显示，测量距离和角度。

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VMD

VMD是为蛋白质、核酸、脂质双层组装体等生物系统的可视化和分析而设计的。它可以用来查看更一般的分子，因为VMD可以读取标准的蛋白质数据库文件并显示包含的结构。VMD提供了多种绘制和着色一个分子的方法：简单的点和线、CPK球和圆柱体和丝带、漫画图等。VMD可以分析分子动力学( MD )模拟的轨迹。特别地，VMD可以通过在远程计算机上显示正在进行模拟的分子，充当外部MD程序的图形前端。

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POV-Ray

POV-Ray是一个高质量、完全免费创造高质量三维图像的非常有名的工具。见过Science封面上漂亮极的分子图像吗？便是用它与以下软件结合制作出来的。运算POV格式文件，生成三维图形，非常棒。

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Mol2Mol

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PLATON

PLATON是通用结晶学软件工具，可以用来进行各种几何学计算、分子内氢键分析、作图等等。支持PDb格式，但许多功能不能用来分析蛋白。若安装过RASMOL与POV-RAY,设置后，可直接调用这两个程序。

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Swiss-PDB viewer

Swiss-PDB viewer是一个界面非常友好的应用程序，使用起来比RASMOL方便，用来同时分析几个蛋白PDB文件。可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其它有关位点。通过菜单操作与直观的图形，可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据。

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Tinker

Tinker分子建模软件是一个完整的、通用的分子力学和动力学软件包，具有一些特殊的生物高分子特性。Tinker可以使用Amber (ff94、ff96、ff98、ff99、ff99SB)、CHARMM、阿林格尔分子力场 (MM2-1991和MM3-2000)、OPLS (OPLS-UA ,OPLS-AA)、Merck分子力场( MMFF )、Liam Dang可极化模型、AMOEBA (2004、2009、 2013、2017、2018 )可极化原子多极力场、加入电荷穿透效应的AMOEBA+和新HIPPO (类氢原子间极化势)力场等几种常用参数集。其他力场模型的参数集正在考虑将来的释放。

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Biodesigner

Biodesigner是一个分子建模和可视化程序。该程序可免费下载。生物设计师能够建立蛋白质的同源模型，评估和完善模型。

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MoluCAD

MoluCAD是为Windows设计的一个功能齐全的分子建模和可视化工具。这是NIH研究院为期三年的生物医学技术研究项目的成果，旨在为化学专业学生制作低成本的教育软件。最新版本包含了许多仅在基于工作站的昂贵建模包中发现的高级特性。易用性、高质量的图形质量和计算健壮性是MoluCAD的特点。新手用户可以快速生成模型，从任何角度查看模型，创建反应动画，并将所有数据保存到磁盘中。

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UCSF Chimera

UCSF Chimer是用于分子结构和相关数据的交互可视化和分析的程序，包括密度图、轨迹图和序列比对图。可免费用于非商业用途。这款软件集成了非常多的分子图形处理工具，在图像显示上堪比PyMOL，但是在功能的丰富度上远远超过PyMOL，其也可以想PyMOL安装三方插件，进行各种功能的扩展。

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Jmol

java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序，支持多种分子格式并支持多种图像格式。

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YASARA

YASARA是免费的包含了所有需要交互探索分子结构功能的显示软件，可以同时加载多个结构，创建包含标签的出版物质量射线追踪图像，并编写自己的宏和Python插件。其中包括YASARA Movie，一个用于多媒体演示和教程的播放器。免费分子显示软件，还有其他一系列需要许可费的可进行分子模拟或者更多功能的的软件。

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NOC

免费的蛋白3维结构构建、显示、分析软件。

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3DNA

分析、构建、显示核酸三维结构的软件。PyMOL插件。

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ArgusLab

ArgusLab是一个针对Windows操作系统的分子建模、图形和药物设计程序。它现在有点过时了，但仍然令人惊讶地流行。迄今为止，已有> 2万条下载。

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Avogadro

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Bioclipse

Bioclipse是一个综合性生物信息学分子显示平台。继承了Eclipse的一个最新插件体系结构、功能以及可视化界面，如帮助系统、软件更新、偏好、跨平台部署等。

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LigandScout

LigandScout软件套件，是用三维模型高分子 / 配合物构建药效团模型结构数据工具软件，包含了全世界化学家和模型师可使用的最用户友好的分子设计工具。该平台无缝集成了设计、筛选、搜索和优先排序分子用于合成和生物评估的计算技术。商业软件，可申请试用。

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PyRx

PyRx是一个用于计算药物发现的虚拟筛选软件，可以用来筛选针对潜在药物靶点的化合物库。PyRx使药物化学家可以从任何平台运行虚拟筛选，并帮助用户在这个过程的每一步——从数据准备到作业提交和结果分析。虽然在药物发现过程中没有魔法按钮，但PyRx包含了一个易于使用的用户界面的对接向导，使其成为计算机辅助药物设计的一个有价值的工具。PyRx还包括类似化学电子表格的功能和强大的可视化引擎，对于基于结构的药物设计至关重要。

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COSMOS

三维分子分析、建模、显示软件。同时提供免费的三维显示软件COSMOS Viewer。

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OpenMM

OpenMM是一款强大的分子建模程序库，可扩展性强，功能十分丰富，主要用于动力学模拟。

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OpenStructure

OpenStructure是一个开源的计算结构生物学框架。本项目旨在提供一个开源、模块化、柔性、分子建模和可视化的环境。它面向结构生物信息学领域感兴趣的方法开发者。

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CMView

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