手把手教你安装R常用软件包

01

在R安装的时候，请注意添加：–enable-R-shlib参数，注意prefix参数可以设置R将要安装的路径，enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享，这个选项一定不要忘记添加，否则以后安装某些包的时候会出现Error in dyn.load的错误。

将安装好的R添加到环境变量

export =/share/work/biosoft/R/R-vv3.0.0/lib64/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export PATH=/share/work/biosoft/R/R-v3.0.0/bin/:$PATH

02

另外安装的版本一般选择稳定版本，例如R-3.0.0而不是R-3.0.1这种。

03

R软件包安装：R CMD INSTALL

install.packages()

04

安装RcppArmadillo，经常会 错，一般请加载新的GCC变量和library就可以了。

05

一些常用的R软件包,为了加快R软件包安装，可以选择中国大学的镜像：

options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”,repos=structure(c(CRAN=”http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)))

source(“http://www.bioconductor.org/biocLite.R”)

biocLite(“geomnet”)

biocLite(“ggnetwork”)

biocLite(“viper”)

biocLite(“clusterProfiler”)

biocLite(“NetGenerator”)

biocLite(“PSCBS”, “cghFLasso”)

biocLite(“SRAdb”)

biocLite(“bsseq”)

biocLite(“expands”)

biocLite(“vsn”)

biocLite(“topGO”)

biocLite(“sna”)

biocLite(“networkD3”)

biocLite(“lme4”)

biocLite(“pathview”)

biocLite(“ReportingTools”)

biocLite(“SPIA”)

biocLite(“ComplexHeatmap”)

biocLite(“safe”)

biocLite(“biocGraph”)

biocLite(“DESeq2”)

biocLite(“multtest”)

biocLite(“edgeR”)

biocLite(“DESeq”)

biocLite(“ggtree”)

biocLite(“ShortRead”)

biocLite(“GSVA”)

biocLite(“gage”)

biocLite(“qvalue”)

install.packages(“getopt”)

install.packages(“phangorn”)

install.packages(“xlsx”)

install.packages(“ggmap”)

install.packages(“knitr”)

install.packages(“ape”)

install.packages(“shiny”)

install.packages(“reshape2”)

install.packages(“data.table”)

install.packages(“gap”)

install.packages(“pheatmap”)

install.packages(“corrplot”)

install.packages(“lattice”)

install.packages(“ggplot2”)

install.packages(“R.utils”)

install.packages(“pca3d”)

install.packages(“mvpart_1.6-2.tar”,repos = NULL, type = “source”)#该软件需要下载本地安装

06

其他参考链接：

https://awesome-r.com

07

常见问题

1、安装R软包出错

ERROR: a ‘NAMESPACE’ file is required

解决办法

#解压

tar -xzf trimcluster_0.1-1.tar.gz

#写入NameSpace

cdtrimcluster

echo ‘exportPattern( “.” )’ > NAMESPACE

cd ..

#打包

tar -zcf trimcluster.tar.gz trimcluster

#再次安装

R CMD INSTALL trimcluster.tar.gz

2、安装R包遇到错误

Error : . failed in loadNamespace() for ‘rJava’, details:

error: unable to load shared object ‘/home/fanyucai/software/R/R-v3.2.0/lib64/R/library/rJava/libs/rJava.so’:

解决办法

export LD_LIBRARY_PATH=/home/fanyucai/software/java/jdk1.8.0_144/jre/lib/amd64/:/home/fanyucai/software/java/jdk1.8.0_144/jre/lib/amd64/server/:$LD_LIBRARY_PATH

运行：R CMD javareconf -e