序列分析软件

USEARCH（Ultra-fast sequence analysis）是一款超级快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域被广泛的应用。在扩增子分析领域的OTU聚类非常受欢迎。该软件由Robert Edgar开发，在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确度以及效率上显著高于老牌的mothur,QIIME等软件。截至目前，已经有全球8,006篇论文应用了USEARCH软件。该软件的64位版本是需要付费的，欢迎联系睿驰科技获取 价。

USEARCH的优点如下：

1.高通量搜索聚类

USEARCH是一个独特的序列分析工具，在全球拥有成千上万的用户。UAEARCH比对速度是BLAST的10-1250倍，聚类速度是CD-HIT的1-1000倍。

2. 更高的生产率和洞察力

USEARCH将许多不同的算法结合到一个具有出色文档和支持的软件包中，这样可以缩短您的学习曲线，减少为给定任务所需采取的步骤，并减少计算时间。USEARCH会鼓励您探索数据，获得新见解，并建议您使用较慢的工具可能没有尝试过的新分析。

3. 安装简单便捷，程序小巧，易用。

2018年7月底，USEARCH新版11已正式发布。新版Version 11，新增了6大新功能以及21个新命令。

新功能包含：

1.Machine learning：机器学习，主要包括随机森林、多次交叉验证、OTU分类重要性，包括的命令有森林训练、森林分类和森林交叉验证

2.Improved cross-talk detection:改进嵌合体检测

3.Novel alpha diversity metrics：新增了两种Alpha多样性指数：Mirror estimator 、Singleton-free（FE）estimator

4.Octave plots for visualizing alpha diversity：Octave plots（八度图）展示Alpha 多样性，方便观察样品中真实序列、测序错误和嵌合体数量

5.Statistical significance of diversity differences between groups：样品组间多样性比较

6.Cross-validation by identity （CVI）：同一性交驻验证特征预测的准确率

新增命令包含：

calc_lcr_probs：Calculate lowest common rank probabilities 计算序列物种分类各级概率

cluster_tree：Construct clusters from tree using distance cutoff 基于树文件聚类

distmx_split_identity:Split distance matrix into test/training pair for CVI 拆分距离矩阵为测试和训练集

fastx_syncpairs：Sort forward and reverse reads into the same order 双端序列找成队并排序

fastx_trim_primer：Remove primer-binding sequence from FAST×file 引物匹配并切除

forest_classify：Classify data using random forest 随机森林分类预测

forest_train:Train random forest classifier 随机森林分类器建立

nbc_tax：Predict taxonomy using RDP Naive Bayesian Classifier algorithm 采用RDP算法预测分类学物种注释

otutab_binary：Convert OTU table with counts to presence（1）/absence（0） 转换OTU表为二元（有、无）形式

otutab_forest_classify：Classify samples using random forest 样品随机森林分类

otutab_core：Identify core microbiome in OTU table 鉴定OTU表中核心微生物组

otutab_forest_train：Train random forest classifier on OTU table 基于OTU表的随机森林训练

otutab_otus：Extract OTU labels from OTU table 提取OTU表中的OTUs

otutab_rare：Sub_sample OTU table to same number or reads per sample 抽样标准化OTU表

otutab_samples：Extract sample labels from OTU table 提取OTUs表中样品名

otutab_select：Identify OTUs which are informative （correlate with metadata）鉴定更有信息的OTUs，即组间差异OTUs

otutab_xtalk：Identify cross-talk using improved algorithm（UNCROSS2）改进算法鉴定嵌合

search_pcr2：In-silico PCR,search for matches to primer pair 电子PCR，基于引物匹配扩增区

subtree:Extracts subtree under given node 提取树中指定结点的子树

tabbed2otutab：Convert read mapping file （read+OTU）to OTU table 单行表格转换为OTU表

tree_subset：Extract subset of tree for given set of leaf labels 根据树叶标签提取子集

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