作为Nikon整个显微成像系统共用的控制软件，NIS-Elements拥有相当重要的地位，是Nikon显微成像系统的大管家。它可以控制包括显微镜，相机，Confocal，N-SIM，N-STORM，TIRF等在内的全线产品。这样做的好处有很多：
首先，学习成本大大降低。各个系统之间，除了拍摄时的操作逻辑略有差别之外，整个软件的架构，功能模块，处理流程等完全一样。也就是说，只要掌握了Nikon的一套显微成像系统，那么在学习其他系统时完全可以快速掌握。
其次，有利于多系统之间的配合操作。比如说：在一套Ti2-E倒置显微镜上同时搭载了AX/AX R Confocal 和 N-SIM S超分辨率模块。NIS-Elements可以同时打开Confocal 和 N-SIM S，实验的灵活性就大大加强了。可以先拍摄一张大视野的Confocal，然后从中选择感兴趣的位置，自动进行超分辨率拍摄。而且Confocal和超分辨率可以在软件里自动进行位置匹配。思维可以再发散一下：在N-SIM拍摄过程中，能不能利用Confocal去进行局部的光刺激呢？答案是：一切皆有可能。
除了控制Nikon产品线，NIS-Elements还支持绝大多数的第三方硬件，包括相机，电动载物台，Piezo Z，光闸，滤镜轮，LED光源等等。NIS-Elements为这些产品提供了功能完善的驱动程序，将其高效地整合到整个系统当中。
I/O模式是NIS-Elements控制第三方设备的另外一种选择。NIS-Elements可以全面控制National Instruments公司的NI DAQ系列板卡，提供数字/模拟信号的输入输出，从而控制多种类型的外围设备。比如：实验过程中，可以把温度计输出的模拟信号读到软件中，当温度到达设定的阈值，自动启动相应的动作（拍摄，灌流……）
NIS-Elements功能简介
作为一款优秀的图像软件，NIS-Elements的功能主要包括3大类：拍摄功能,图像处理,测量分析。下面我们依次进行简单介绍。
01、拍摄功能
◢6D拍摄（X，Y，Z，Timelapse，Multi –Point，Lambda）属于NIS-Elements的常规动作，可以记录多个已经标记多色荧光的目标在XYZ空间的动态变化。
◢轻松实现大视野拼接
◢通过ND Sequence功能，可以使6D拍摄更加灵活。比如：在一次拍摄过程中，对不同目标进行差速（不同的时间间隔）拍摄。
02、图像处理
◢拍摄完的图像，可以通过NIS-Elements进行多种处理。通过LUT增强对比度，看到更多细节；提供多种图像滤镜，改善画质，提取形态学特征等等；多种视图方式（正交，立体，最强投影，最暗投影……）显示图像；多种图像计算方法。
◢EDF功能扩展景深
◢Deconvolution功能获取更清晰的图像
03、测量分析
NIS-Elements提供了手动测量，ROI统计，自动测量等多种方式，提供数十种参数的测量结果。
Object Classifier功能：只需对软件进行简单的“训练”，就用智能方式将细胞分类。
时间测量模块，可以对图像进行动态分析，并和拍摄过程中的相应时间结合起来。
Ca/FRET模块，从拍摄到校准到分析，一气呵成完成FRET实验。
Tracking模块：不仅对2D目标，也可以对3D目标实现动态跟踪，并提供速度，加速度，运动方向等多种参数进行定量分析。
04、其他
除了上述功能，NIS-Elements还提供了一些特色功能，帮助用户提高效率，或者更灵活地安排实验。这些功能包括：Macro，GA，HCA/Jobs等。
◢Macro
用户可以通过简单操作进行Macro的录制，自动执行组合动作。此外，还可以通过编程来编写Macro，以便执行复杂动作，设计交互界面等。
◢GA（General Analysis）
GA模块可以把多个工具组合在一起，形成一套定制的方法。只需点击一个按钮，就可以执行一整套的处理和测量。
◢HCA
用户需要拍摄大量多孔板数据进行批量分析时，可以选择HCA高通量分析模块。HCA提供了一个流程化的操作界面，把选择孔位，定义视野，贴标签，批量分析，生成图表等操作整合起来，极大提高了操作效率。
综上所述，NIS-Elements作为Nikon显微成像系统的软件平台，不仅能够提供常用的拍摄，处理，分析等功能，提供了很多专业化模块，还可以通过Macro，GA，HCA/Jobs等对软件进行功能扩展，兼顾了功能性和灵活性。必将成为用户科研过程中的得力工具。
