线粒体|GetOrganelle组装软件

GetOrganelle

https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle

GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在Genome Biology。

GetOrganelle的核心流程包括：
1）通过“种子”序列获得部分目标相关reads；
2）延伸reads获得所有目标相关reads；
3）对reads进行从头组装得到组装图形；
4）过滤组装图形；
5）识别细胞器组分并自动导出所有可能的细胞器基因组结构。

4.基本用法。

#植物的2G左右的数据，组装叶绿体基因组用命令

#更快的方法

#组装植物线粒体基因组

#组装植物核核糖体DNA片段

#组装真菌线粒体

#组装真菌的核糖体

#组装动物线粒体

得到的文件是有complete就代表拼接是成环了。

end

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