原文地址

http://ngs-assist.com/forum.phpd=viewthread&tid=46

1. 简述

OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/)主要用来找直系同源基因以及旁系同源基因。它主要在比较完整的基因组之间找直系同源基因。OrthoMCL的使用主要13步，可以参考doc/OrthoMCLEngine/Main/UserGuide.txt。为了方便运行OrthoMCL，可以建立一个工作目录“my_orthomcl_dir”。

2. 软件安装

下载地址：
http://orthomcl.org/common/downloads/software/v2.0/orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz

1. 配置OrthoMCL程序

建议没接触过mysql的先查阅一下相关教程。

将orthomcl.config.template拷贝到你工作目录下(my_orthomcl_dir)。然后根据所建的mysql数据库名，用户名，密码。修改该文件。

例子如下：

11. 利用orthomclMclToGroups命令将mcl的输出结果转换为groups.txt

Usage:
orthomclMclToGroups my_prefix 1 groups.txt
groups.txt就是最终的结果文件。文件中的每一行代表可能存在的蛋白质家族。

这一步我还没有运行成功，日后再说。不过上一步已经获得目标文件，就是没有为每个分类命名而已。

12. 使用完成后，请注意清空相应数据库中内容，以便下次使用