简单介绍 FSL-FAST
FAST（FMRIB 的自动分割工具）将大脑的 3D 图像分割成不同的组织类型: 灰质（grey matter, GM）、白 质 (white matter, WM)、脑脊液(cerebrospinal fluid, CSF)等。 同时还校正空间强度变化（也称为偏置场或 RF 不均匀性， 不过随着现在技术的进步，不均性问题基本不存在了）
底层方法基于隐马尔可夫随机场模型和相关的期望最大化算法。整个过程是完全自动化的，并且还可以产生偏置场校正的输入图像以及概率和/或部分体积组织分割。与大多数对噪声敏感的基于有限混合模型的方法相比，它是稳健可靠的。
该工具很简单： 提供一个去颅骨的大脑，设置您希望分割多少个组织类别，其余的默认设置通常都可以。
通常，研究人员需要三种组织类别：白质、灰质和脑脊液。但是，如果存在大脑有异常的图像（例如病变），可将类别增加到四个，以便将病变划分为一类。
要使用 FSL 执行大脑提取，您可以使用图形界面，也可以使用命令行（MacOS 或 Ubuntu Linux 上的终端应用程序）。本操作指南假定您已安装 FSL。
安装教程
1.使用图像界面
如果想批量处理
3 分割结果
使用上面图像界面所示参数，结果如下
白质：
参考资料
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FAST
https://www.bilibili.com/video/BV15f4y1L7Rrare_source=copy_web
https://youtu.be/xnZoJLSiXTU
我是Tina, 我们下篇博客见~
白天工作晚上写文，呕心沥血
觉得写的不错的话最后，求点赞，评论，收藏。或者一键三连
声明：本站部分文章及图片源自用户投稿，如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢！