ImageJ实用插件分享，为SCI论文发表铺平道路！
ImageJ是免费开源的图像分析软件，适用于多种电脑操作系统，可自动、快速的得到分析结果。ImageJ有数百个插件可供使用，今天半夏就给大家分享一些科研中不可不知的实用插件！
1 背景校正多种方法
实验过程中当光照不均匀或镜头有污渍时将导致图片背景不一致，此时则需要进行背景校正。
1. Background Correction插件校正背景
Background Correction插件可以纠正荧光显微镜中由不均匀照明引起的图像缺陷。
Background Correction插件下载与安装：
下载链接：
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/background.html 。
安装方法：
将下载好的
Background_Correction_.class至Plugins文件夹中重启ImageJ软件即可。
使用步骤：
（1）打开ImageJ软件，File -> Open打开背景校正示例图片bc-before（注意图片背景不均一）：
（2）Plugins -> Background_Correction，参数设置选择为Auto-Contrast Result Image，点击OK：
使用Background_Correction背景校正前后对比如下：
背景校正后其灰度值变化如下：
2. Image Calculator校正背景
使用步骤：
（1）ImageJ File -> Open打开背景校正示例图片bc-before。
（2）Image -> Duplicate复制打开的bc-before图片：
（3）对复制的图片进行Process -> Filters -> Gaussian Blur（高斯模糊）。高斯模糊Sigma设置为50，Sigma越大图片越模糊，点击OK：
（4）去除背景
Process -> Image Calculator，Operation选择Subtract，Create new window：
得到去除背景后的结果：
3. Rolling Ball校正背景
使用步骤：
（1）ImageJ File -> Open打开背景校正示例图片bc-before。
（2）Process -> Subtract Background，Rolling Ball设置参数可以校正背景：
背景校正效果如下：
2 Color_Profiler插件分析RGB图像
众所周知ImageJ中Analyze菜单下Plot Profile实用工具可以线段和矩形选框所经过的范围内的灰度变化：
Plot Profile可以用来进行共定位分析，但Plot Profile只能通过多通道图片依次获得不同通道的灰度变化。下图通过Plot Profile获得了蓝色通道的荧光强度随着划线距离变化的情况：
Image -> Color -> Split Channels可拆分通道，Image -> Color -> Merge Channels可以组合通道。
Color_Profiler插件可快速的获得RGB图像的荧光强度/灰度变化！
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/color-profiler.html 。
Color_Profiler插件安装方法：下载Color_Profiler.jar插件至Plugins文件夹中重启ImageJ软件即可，Analyze -> Color_Profiler可使用该插件。
Color_Profiler使用步骤：
（1）ImageJ File -> Open打开RGB格式荧光图片MolProbes。
（2）无需通过Image -> Color -> Split Channels拆分通道，直接在想要分析的区域划线或矩形选框，Analyze -> Color_Profiler分析即可：
（3）点击List可显示随着直线变化的R、G、B值，点击Save可以保存结果：
矩形选框也可以得到类似的结果：
3 拓展
1. Clock Scan分析荧光共定位
Clock Scan插件的下载与安装：
https://pan.baidu.com
/s/1jRtuDZirZYbo04T8Dwu_hQ 提取码: 7kba。
将Clock_Scan-1.0.1. jar与
Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar放入ImageJ文件plugins文件夹下，重启软件即可。
Clock Scan插件视频教程：https://www.jove.com/video/55819/ 。
Clock Scan分析我们在解螺旋发布过相关教程，有兴趣的朋友可以去查找！
2. Radial_Profile
Radial_Profile插件生成同心圆周围归一化积分强度的剖面图。
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/radial-profile.html 。
安装：
下载Radial_Profile.class插件至Plugins文件夹中重启ImageJ软件即可。
Radial_Profile使用步骤：
（1）ImageJ File -> Open打开图片：
（2）使用椭圆工具按住Shift画圆：
（3）Plugins -> Radial_Profile即可获得径向强度变化，除直接画元外Radial Distribution还可以设置圆的中心点及其半径：
今天给大家分享ImageJ实用插件就到此为止了，希望对大家有所帮助！祝大家早发文章，多拿基金！
参考文献：
Dobretsov, Maxim, Georg Petkau, Abdallah Hayar, and Eugen Petkau. 2017. “Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins.” Journal of Visualized Experiments, no. 124 (June). MyJove Corporation. doi:10.3791/55819.
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