现在做生物和医学的，很多都可能会和各种组学数据打交道。其中表达谱数据总是最常用的，也是比较好测的。即使在工作中不去测序，也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘，找一找不同表型（比如癌症）对应的marker或者调控的通路。这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E，亲测比较好用，满足常用需求，可以做各种热图，聚类，箱图，相似分析和标记筛选等等，而且非常小巧。

进入软件之后，界面如下，这里显示的就是基因表达的热图（heatmap），其中蓝色表示被低调控，红色表示被高调。横向是不同的细胞系，纵向是不同的基因和探针名。

等几分钟load完数据之后了就可以挑选感兴趣的数据进行分析了。比如可以在圆圈处敲入skin ovary,即挑选和皮肤癌以及卵巢癌有关的细胞系（此时带有关键词的列名已经被橙色高亮）。然后点击黑色箭头处的图标，既可以选中这些列。

相似分析

对两种癌症的数据就可以进行进一步分析。比如我们可以分析不同细胞系间的相似性，如下图Tools->Similarity Matrix，点击ok即可。

聚类分析

另外我们也可以做聚类分析，如下图，点击图标后输入参数。这里需要选择对列（Column）还是行（Row）聚类。这里我们在两个方向都可以聚类。

软件的下载地址在这里

需要安装java，需要机构邮箱来进行注册。如果没有机构邮箱，至少认识一个有的童鞋吧。

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