Discovery Studio? (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。
在工具栏中，点击Simulation>Change Forcefield，点击Apply Forcefield，将蛋白赋上CHARMm 力场。
鼠标选中Ligand，点击Edit>Select，在弹出的窗口中设置Selection Mode 为Replace（New Only），Radius 为3，点击Apply。此操作可选中配体周围3埃内的氨基酸残基。
Mutantion Sites 有四个模式可以选择：
- Single Mutantions：被选择的氨基酸残基进行单点突变。
- Double Mutantions：被选择的氨基酸残基进行两点同时突变。
- Triple Mutations：进行三点同时突变。
- All Selected Residues：将被选择的氨基酸残基同时突变。
- 点击Mutantions 参数栏右侧的…。将mutation 组中所有的氨基酸突变为ALA。
- 该表格中的Effect 一列若为stabilizing，即表示这种突变会导致亲和力上升，增强相互作用；若为neutral，即这种突变对于亲和力没有影响；若为destabilizing，即这种突变会导致亲和力降低，相互作用关系减弱。
点击Results 栏中Mutation Energy Terms 链接。
在打开的表格中双击Mutation Energy 表头，使突变能从低到高进行排列。
在工具栏中，点击Macromolecules>Design Protein>Calculate Mutation Energy (Binding)。
设置Input Typed Molecule 为1aq1:1aq1（以软件实例为例）。
设置Ligand Chain 为1aq1:Ligand_2。
设置Mutation Site 为Single Mutations。
点击Mutantions 参数栏右侧的…，将之前定义的keyresidues组中所有的氨基酸突变为其余19 种标准氨基酸（右侧ALL 中除了ASPH、GLUH、LYSN、ARGN、HSC 之外的所有氨基酸）。
任务完成后，在Report界面中的Results栏中点击Mutation Energy Terms 链接。
在打开的表格中双击Mutation Energy 表头，可按照突变能从低到高排列。
在结果中可以看到，当Val18 变为Tyr、His、Ile 三种氨基酸可以使得受体配体之间的亲和力有所提高。这些突变目标的预测，可以指导我们进行合理的氨基酸突变，从而可能提高酶的活力。
以上就是利刃君为大家带来的借助Discovery Studio进行虚拟氨基酸突变提高结合亲和力的教程啦~
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