plink软件初体验3–计算样本杂合度和SNP位点杂合度

这里，模拟一个plink文件的数据，8个样本，8个SNP位点，通过手动Excel计算样本杂合度和位点杂合度，比较plink计算杂合度的方法。

1. 模拟数据

ped数据：

map数据：

2. 计算样本的杂合度

结果查看：

这里：

• FID，家系ID
• IID，个体ID
• O(HOM)：观察到的纯合个数
• E(HOM)：期望的纯合个数
• N(NM)：没有缺失的SNP个数
• F：计算的值

其中F的计算方法：
$$F=\frac{O?E}{N?E}$$

• O: O(HOM)
• E: E(HOM)
• N: N(NM)

可以这样认为，F值越小（包括负值），杂合度越高，F值越高，纯合度越高！

Excel对比
将ped文件，copy到Excel中，手动计算纯合和杂合的个数，进行统计：

4. 计算SNP位点的基因频率

结果查看：