■2020-06-12 21:34:10
每周杂记: 谢谢记得
前几期中介绍过这个神经 络势, 他们最新的文章出来了, 新的参数也公布了, 其他元素的参数也在推进中.
2. OPLS3e参数转换为GROMACS拓扑
在完成上个脚本的时候, 涉及各种势能函数格式和参数的转换, 少不了参考GROMACS手册的相关部分, 有些地方还需要查看源代码才可以确定. 这样一通操作下来才发现手册中的相关部分有不少错误, 连带着我翻译整理的中文手册也跟着错了. 所以就修订了一下, 同时将势能函数公式添加到拓扑表格中去了, 这样在根据参数写拓扑的时候方便不少.
4. OPLS3e参数转换为AMBER拓扑
将OPLS3e参数转换为GROMACS拓扑我比较熟, 但转换为AMBER拓扑就不那么熟了, 所以暂时没有计划. 我觉得 上肯定已经有这样的脚本了. 有人推荐了几个, 看了一下, 都不是很满意, 暂且留着以备参考吧.
■: Using the Amber force field in desmond[3]■: Automated simulations with Gromacs: MD, BAR, Umbrella, Force Field conversion[4]
论文采风
学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.
1. OPLS3: A Force Field Providing Broad Coverage of Drug-like Small Molecules and Proteins[5]
OPLS3e的原始论文, 也很长, 拟合了很多分子, 做了很多测试. 也只有财大气粗的公司才能这么做, 当然软件也卖得贵.
5. TSRC: Many-Body Interactions会议
问题写生
蛋白建模工具哪个好h4>
目前应用最多的由已知的一级结构做三级结构的方法貌似只有modeller最简单，其他还有重头算等方法.
swiss model和modeller没关系，和modeller有关系的 站是modbase，都是sali组的。群文件里有一张建模工具和server的汇总的图，可以参考看看
在线的server还是首选i-tasser吧.
同源建模首选YASARA，同源建模建不了的，选ROSETTA
小分子力场拓扑怎么得到h4>
对于小分子的力场, 有很多种不同的发展方法, 不存在所谓的标准流程. 但对于固定的力场, 如AMBER, CHARMM, OPLSAA来言, 其确定力场的大致流程是确定的, 虽然其中仍有不少情况各异的作法.
tppmktop只能用来获取小分子的OPLSAA力场, 而且其原子类型也只能是已经存在的. 它所完成的, 只不过是根据输入的分子结构, 确定每个原子的OPLSAA原子类型. 虽然OPLSAA原子类型很多, 但对某些特殊的分子, 仍然会出现无法确定原子类型的情况. 在这种情况下, 有两种解决方法: 1. 自己想方法获得所需原子类型的电荷和VDW参数; 2. 使用OPLSAA中相近/类似的原子类型代替. 一般情况下, 都是采用2, 因为自己获取VDW参数困难很大.
在原子类型都确定的情况下, 再来讨论分子内键长, 键角, 二面角等相互作用参数的问题. tppmktop所给出的这些相互作用项的数目必须和分子结构预示的一样多, 否则就错了. 所谓一样多指的是, 分子中有多少根键, [ bond ] 下面就要列出多少项; 对键角和二面角同理.
如果对某些分子内相互作用, tppmktop无法给出相互作用参数, 那解决方法也是上面的两种, 要么自己去拟合, 要么以相近/类似的代替. 由于这种情况下拟合参数不是 太 困难, 所以你会看到有些人会这么做. 大致作法是使用量化程序扫描相应的项, 获取能量, 然后扣除不需要的能量, 拟合相应的参数. 原理看起来简单, 但具体拟合时还是很有些麻烦的, 所以我一般建议采用相近/类型的参数来代替, 除非这些缺少的参数对分子结构影响很大, 而分子结构对模拟结果的影响也很大, 因为在这种情况下, 必须要求这些参数准确.
至于GMX拓扑文件中分子内的pairs, 其实和分子间的区别不大, 只不过对分子内的相互作用, 有个1-4排除项的概念. pairs只用来处理使用通用的1-4排除无法解决的情况, 一般用不到.
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