一、软件下载
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。
如果没有在桌面找到 IGV 软件，按住 键，搜索 可以找到并运行
二、软件介绍
1、数据载入
为了方便介绍功能，我们需要先下载几个测试数据：
测试数据下载：
下面的数据来自人肝脏的 DNaseq 数据，分别为bigbed 文件与 bigwig 文件：
bigbed 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/c=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF812QNX%5Fpeaks%5Fmm10%2EbigBed
bigwig 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/c=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF705ESF%5Fread%2Ddepth%5Fnormalized%5Fsignal%5Fmm10%2EbigWig
想了解更多基因组相关文件格式：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/109367884
载入数据：
切换其中一个染色体：
这里分五大部分来介绍：
-
工具栏
-
轨迹信息栏
-
基因组窗口
-
轨迹窗口
-
基因窗口
1、工具栏
从左到右依次为划分为三个小工具：
参考基因组工具
视图操作工具
2、轨迹信息栏
右键可以打开菜单，进一步修改，后面详细来研究。
3、基因组窗口
上部分为整条染色体，点击即可跳转该位置
4、轨迹窗口
每一行代表一个样本的 Trace
5、基因窗口
显示基因的特征区域，可以与 Trace 面板配合，来查看研究区域的生物学信 。
三、常用操作
1、下载参考基因组及注释
- 左上角点击 :
- 进入下载进度，这一步比较慢，建议科学上 或晚上挂着下载
本地文件载入
右上角点击 -> ，选择本地文件即可
通过官方服务器加载
这里有一些公共项目的数据集，有兴趣的小伙伴可以多浏览
有几种搜索方式：
- 按基因组坐标搜索：
- 按基因名搜索：如 ，但是不支持别名等其他名称搜索
- 按突变搜索，支持两种格式：
- 如，搜索 KRAS 第 12 个氨基酸上，从G 到 C 的突变。 表示终止密码子
- 如 ，搜索 KRAS 第 123 个氨基酸，从 A 到 T 的突变
4、放大缩小
- 放大：
- 双击轨迹窗口
- 按住 健，单击轨迹窗口
- 点击缩放工具
- 在基因组标尺窗口按住左键滑动，选中区域便会放大
- 缩小：按住 健，单击轨迹窗口
5、滚动平移
- 水平移动
- 按住左键在轨迹窗口左右拖动
- 点击基因组标尺或染色体图
- 和 键
- 和 键
- 垂直滚动
- 按住左键在轨迹窗口上下拖动
- 和 键
- 和 键
6、右键菜单
在轨迹信息栏和基因窗口都可以右键呼出如下菜单栏，我们在出图时会依次用到
修改颜色
设置数据值域
这里试试设置不同的数据范围，也就是值域，这里注意 Y 轴变化
-
设置,, 依次为 ,,，效果如下
-
设置,, 依次为 ,,，效果如下
2、散点图
切换到散点图选项
3、条形图
切换到条形图
4、热图
选择热图选项
设置
总结一下，一共可以绘制四种图，包括：
热图
条形图
5、基因
右键可以打开设置菜单，一共有三种形式选择：
展开形式
分别显示多条转录本
样本参数设置
基因特征显示
声明：本站部分文章及图片源自用户投稿，如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢！