赵洪鑫：用R软件撰写和发布科研论文

在上一篇文章中，鑫哥摒弃了用word写简历，改用R软件一键生成。但是这远远不够，因为鑫哥这个人太懒了，而且坚信懒惰是第一生产力，是促进科技发展的动力。

在国外，写论文喜欢用Latex, 在国内，用word比较多。但在鑫哥看来，这两种方式都是难以接受的。Latex复杂难用就不说了，用word写论文，很难保证持续的思路不被打断，开了个头，就会强迫症般的去调调格式，调调字体，调整对齐，无法保持沉浸式的写作。

鑫哥喜欢用类似markdown的方式，一口气从头写到尾，然后用某种软件，一键生成论文格式，岂不妙哉。但Markdown对文献自动插入没有太多解决办法。写论文，自动生成参考文献和图表的内部交叉引用必不可少，这点是文献管理的强项，markdown还有很多问题待解决。

今天介绍用R软件来生成一篇论文，实测效果极佳，基本可以达到鑫哥的要求。

首选上 搜索并安装R软件的最新版，然后搜索并安装Rstudio，这个大家应该都没问题。然后用Rstudio安装rticles这个包，如图：

安装过程可能要有点长，因为所需的前置包比较多，尤其是对Latex的支持，如果R 错缺必要的包，那就相应的安装一下即可。

安装好之后，新建Rmarkdown文件：

这时候，我们发现，Rstudio里面已经多了很多出版商的论文模板，如爱思唯尔，Taylor等等：

这里我们就以PNAS为例，选中，点击OK。

比较重要的几个点，就是图表的插入，还有参考文献的插入。

在需要插入文献的地方，用菜单插入，会打开Pumed等引擎，找到相应的文献插入即可。也可以用传统的文献管理软件把参考文献导出后批量化导入R再批量插入。

插入公式和特殊字符也比较简单。另外，为什么要推进用R来撰写论文，最重要的是插入图表功能，因为我们写论文，通常先要用统计软件分析好导出图表后再插入Word中去，而直接用R写论文的好处，就是可以用R实时进行统计分析，直接在论文某个部位生成统计表和统计图。在成文之后，每个统计图表的原始分析代码也嵌入了论文里，鼠标对着图表操作一下就能看到源代码，便于溯源。

现在我以我2020年发的一篇新冠论文为例，套用这个模板重新撰写一遍：

首先填一下这些论文基本信息：

---title: Estimating the case fatality ratio of the COVID-19 epidemic in Chinaauthor:  - name: Xing Wang PhD      affiliation: 1,2  - name: Zihui Ma MS      affiliation: 1  - name: Yi Ning ScD MPH MD      affiliation: 3,4  - name: Chen Chen PhD      affiliation: 1,5  - name: Rujin Chen6 MD      affiliation: 6  - name: Hongxin Zhao MD PhD      affiliation: 1    address:      - code: 1        address: Shanghai Synyi Medical Technology Co, Ltd, Shanghai, China    - code: 2        address: NHC Key Laboratory of Reproduction Regulation (Shanghai Institute of Planned Parenthood Research), Public Health School, Fudan University, Shanghai, China    - code: 3        address: Meinian Institute of Health, Beijing, China      - code: 4        address: Peking University Health Science Center Meinian Public Health Research Institute, Beijing, China    - code: 5        address: National Institute of Environmental and Health, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Bejing 100050, China    - code: 6        address: Donor Service, Shanghai Blood Center, Shanghai, China    corresponding_author:      code: 2      text: "Corresponding author. E-mail: zhx@zhaohx.com"    lead_author_surname: Wang    equal_authors:      code: 1      text: "Xing Wang, Zihui Ma, and Yi Ning contributed equally to the article."

然后相应的把摘要，关键词，背景，方法等等内容放进去，统计图表和交叉引用和平时的软件差别不大。可以把界面调得舒服一些适合写作时候的心情，写作的时候不需要过多考虑排版问题。因为右侧有大纲，书写还是很愉快的，如图：

好，撰写完成之后，点击knit按钮，生成论文：

这里有个Draft的水印，可以去掉的。

我们看一下细节：

再看一下脚注等：

实际用下来还是相当省事的。当然，不喜欢这种双栏排版方式的，大家可以试试其他论文模板，一定能找到你想要的。

跟着鑫哥做懒人，你学会了吗？