代谢组分析软件_MetDIA怎么用？

对于实用DIA模式采集的数据，MetDIA软件可以从多重串联质谱数据中提取目标代谢物的信息。该方法使用数据库中的代谢物作为目标母离子对代谢物的信息进行提取，该软件除了可以进行以代谢物为中心的化合物的鉴定外，还可以提取代谢物的离子流图，其中就包括了代谢物的母离子和子离子的信息，这些信息可用于基于MRM的靶向代谢组学分析。

安装R3.2.0，然后本地安装MetDIA

#安装xcms和multtest
source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“xcms”)
source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“multtest”)

#将mzXML文件放到不同的文件夹中，根目录要放windows.csv，把这些都放进工作目录下

windows.csv中要写明SWATH的具体参数

#加载包
library(MetDIA)
#获取工作路径
filepath<-getwd()
#提取一级质谱数据并比对数据库，数据库包括lib.30std/lib.pos/lib.neg，设置peakwidth峰#宽以及sn信噪比
MetDIA(filepath, speclib = lib.30std, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
# MetDIA(filepath, speclib = lib.pos, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
# MetDIA(filepath, speclib = lib.neg, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)

#生成了保留时间图

#生成了两个文件夹，分别是过滤前与过滤后的的extracted ion chromatograms (EIC)图

#生成了结果文件

#提取二级质谱数据并比对数据库，数据库包括lib.30std/lib.pos/lib.neg，设置peakwidth峰#宽以及sn信噪比
MetDIA(filepath, speclib = lib.30std, ms2.quant = TRUE, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
#MetDIA(filepath, speclib = lib.pos, ms2.quant = TRUE, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)
#MetDIA(filepath, speclib = lib.neg, ms2.quant = TRUE, peakwidth = c(5, 30), sn = 6)

#生成了一级比对的所有结果，另外生成了二级峰的鉴定结果

#可以使用自己的数据建立数据库，保存为csv格式。

# 第一列为母离子质荷比

# 第二列为子离子质荷比

# 第三列为保留时间

# 第四列为子离子相对丰度

# 第五列为物质名称

end