分子动力学模拟(Gromacs)
分子动力学
Gromacs
计算项目
生化分子:蛋白质，脂质和核酸、糖等
聚合物
计算样例
软件简介
Gromacs是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。模拟程序包包含Gromacs力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。Gromacs是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。
主要功能
支持基本动力学相关算法，包括牛顿力学及随机动力学积分器、能量最小化、正则模式分析、模拟淬火等。支持温度及压强控制，支持基于SHAKE和P-LINCS的完全约束算法，支持多种几何约束。支持包括umbrella sampling在内的非平衡态动力学。支持FEP、essential dynamics。暂不支持const-pH
内建支持AMBER、CHARMM、GROMOS及OPLS等多种常见经典力场及数种较少见力场。软件通过user tables实现对非标准函数形式的支持
支持Martini粗粒化模型
支持基于GBSA的隐式溶剂模型，包括三种可选的计算Bornradii的方法
支持QM/MM混合动力学，对QM部分支持的计算方法包括AM1,PM3,RHF,UHF,DFT,B3LYP,MP2,CASSCF和MMVB，可对接GAMESS、Gaussian、MOPAC、Orca等量化软件
做同步辐射 找易科研
同步辐射X射线吸收谱(XAFS)
做球差电镜 找易科研
冷冻透射电镜(FEI Titan Krios)
双球差校正透射电镜(FEI Themis Z)
现场测试 | 原位球差校正透射电镜(JEOL JEM-ARM200F)
现场测试 | 原位环境球差校正透射电镜(FEI Titan ETEM G2)
做计算 找易科研
第一性原理DFT计算(VASP)
分子动力学模拟(Gromacs)
分子动力学(LAMMPS)
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