中国科技大学有8个一级学科国家重点学科，包括：数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、科学技术史、力学、核科学与技术；4个独立的二级学科国家重点学科，包括：天体物理、地球化学、通信与信息系统、计算机软件与理论。2个国家重点（培育）学科，包括：安全技术及工程、管理科学与工程；19个安徽省一级重点学科。
一级学科国家重点学科数列全国高校第6； 理学博士点国家重点学科覆盖率达到100%，工学博士点国家重点学科覆盖率达到40%。
在教育部第四轮学科评估中，中科大共有7个学科获评A+级别，两个学科获评A级，6个学科获评A-级别，总体学科评估结果位居全国高校第五名，还是非常亮眼的。而且，中科大的科研能力，国内无人敢质疑，中科大是目前国内唯一拥有两个国家实验室的高校。
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