群落组间差异分析

1. Biomarker
根据丰度信息，找出不同组分之间的差异因素（物种、功能），继而确定其生物学的相关性。
2.专业分析软件 Metastats LEfSe STAMP

1. Metastats
   应用范围：
   只能两组样本之间比较（非参数T检验（参数T检验，一般用于正态分布），卡方检验）
   分析上可以没有生物学重复
   作用：
   差异物种分析
   差异功能分析
   特点：

• 只能做两组之间的对比（在利用one way ANOVA检验的情况下，可用于多组分析，但没有现成流程）
• 可以用于16S或宏基因组分析，也能用于其他组学（如转录组学）两组之间的差异分析
• 分别运用不同算法计算高丰度和低丰度物种，极其符合五种数据的生态学分布情况

2. LEfSe

• 目的：主要为寻找与生物学意义关联的Biomarker
• 支持多组分析
• 对所预测的生物标记进行三重检验：
  • 统计学显著性：组间差异
  • 生物学稳定性：样本间差异
  • 影响能力评估：LDA值评估

3. STAMP

• 兼容性广
• 分析内容丰富：多组、两组、两样本：散点、柱形图等
• 图形精美
• Confidence Intervals 检验