【全基因组关联分析GWAS专题1】——群体结构

一. GWAS与群体结构

图2 群体结构分析

三. 经典文献——GWAS解析二倍体棉关键农艺性状的遗传基础

（1）实验材料：

重测序230份亚洲棉材料（G. arboreum）和13份草棉材料（G. herbaceum），收集来自华南（SC）、长江流域（YZR）和黄河流域（YER），代表中国二倍体棉的表型和地理多样性。

（2）测序方案：

Illumina HiSeq 2500，PE125，每份材料~6.0×，过滤得到72419 SNPs。

（3）部分结论：

雷德蒙氏棉（G. raimondii）作为外类群构建NJ树发现亚洲棉和草棉分成两个独立枝，亚洲棉划分出SC、YZR、YER等地理分组，PCA分析进一步验证，说明亚洲棉和草棉从不同野生祖先独立驯化。SC分组核苷酸多态性更高（π=0.211×10?3），说明亚洲棉最初在SC栽培然后传播到YZR和YER，亚洲棉（r2=0.40）和草棉（r2=0.39）LD值相似于大豆和水稻地方品种，明显高于玉米栽培品种。Model-based 群体结构分析发现YER显著区别于SC、YER，说明人工选择在作物驯化中起重要作用。11个重要性状GWAS发现98个显著关联信 ，25个在基因区域，农艺性状相关的主效GWAS信 在形态上表现地理分化，如花期、棉铃重和抗病性等，所以成熟度、产量和抗病性状一直处于强烈的人工/地理选择。

图3 二倍体棉基因组与地理差异