一．下载并安装这个软件
下载地址进下面，但是下载源码安装总是很困难，我直接下载bin文件可执行程序。
安装总是失败，我也不知道怎么回事，懒得解决了。
直接去我老师那里把这个程序拷贝进来了。
也可以直接下载bin程序
类似于这样的几个文库的左右两端测序数据。
我这里用一个小样本的单端数据做测试
官 给出的步骤如下
好像组装效果惨不忍睹呀！共86万的contig，50多万的scaffold
scaffolds>100 505473 99.60%
scaffolds>500 113523 22.37%
scaffolds>1K 48283 9.51%
scaffolds>10K 0 0.00%
scaffolds>100K 0 0.00%
scaffolds>1M 0 0.00%
这其实都相当于没有组装了，因为我的测序判断本来就很多是大于500的！
可能是我的kmer值选取的不对
Kmer为63跑出来的效果不怎么好，86万的contig，50万的scaffold的
Kmer为35跑出来的效果更惨，203万的contig，近60万的scaffold。
我觉得问题可能不是这里了，可能是没有用到那个20k和3k的双端测序库，唉，其实我习惯了illumina的测序数据，不太喜欢这个454的
感觉组装好难呀，业余时间搞不定呀，希望有高手能一起交流，哈哈，我自己再慢慢来试试。
原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/476.html
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