ANTs
ANTs 是 Advanced Normalization Tools 的缩写，是基于 C 语言的一个医学图像处理的软件，速度比较快。
ANTs 支持 2D 和 3D 的图片，包括以下格式的文件：
? Nifti (.nii, .nii.gz)
? Analyze (.hdr + .img / .img.gz)
? MetaImage (.mha)
? Other formats through itk::ImageFileWriter / itk::ImageFileWriter such as jpg, tiff, etc. See ITK documentation.
ANTs 的安装
ANTs 的安装主要有两种形式，一种是基于源码的安装，安装完毕后可以直接在命令行调用相应的功能，另一个种是基于 python 的安装，安装完毕后可以在 python 中直接调用相应的包进行使用。两种方式暂时只支持 Linux 和 Mac 系统。
(1) 基于源码安装 ANTs
-
首先要安装 git , cmak 和 c++ 编译器；
-
在命令行里运行：
如果遇到 cmake 或 ccmake 版本不匹配的问题需要将其卸载重装，并更新环境变量。
-
编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，则可以进行下一步了，若没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去，具体做法如下：
- 设置环境变量，更改.bashrc或.profile文件
ANTs 的使用
在 ANTs/Scripts 路径下有各种各样的 .sh 文件，较为常用的有antsRegistrationSyN.sh 等，为了方便调用可以将 .sh 文件的路径添加到环境变量中去：
然后直接在命令行使用 antsRegistrationSyN.sh ，如果给出该命令的使用方法，则配置成功，如果给出 错信息则配置失败。
因为我手中没有 .nii 格式的配准数据，就用 .jpg 格式的图像做的实验，使用的 fixed image（上图）和 moving image（下图）如下：
配准命令为：
其中 -d 2 表示数据是 2 维图像，-f fixed_img.jpg 是 fixed image 对应的图像名称，-m moving_img.jpg 是 moving image 对饮的图像名称，-o output 是输出结果的前缀名。输出的数据如下：
声明：本站部分文章及图片源自用户投稿，如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢！