植物科学常用数据库和生物信息学工具2020

通用数据库

拟南芥

http://www.arabidopsis.org
最为常用的拟南芥遗传和分子生物学数据资源库
http://rarge.gsc.riken.jp/
拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库
https://1001genomes.org/
1001 Genomes：拟南芥遗传变异目录
https://aragwas.1001genomes.org/#/
AraGWAS：用于拟南芥的GWAS标准结果的公共人工管理数据库
http://www.athamap.de/
拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库
https://www.gabi-kat.de/
拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库
http://www.plprot.ethz.ch/
拟南芥质体蛋白数据库
http://seedgenes.org/
拟南芥发育关键基因数据库
http://suba.live/
拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库
http://travadb.org/
基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库
http://atrm.cbi.pku.edu.cn/
拟南芥转录调控图谱数据库
http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/
拟南芥根部单细胞RNA测序数据库
http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/
拟南芥RNA-seq数据资源，可探索20,000多种已发布的拟南芥RNA-Seq库

水稻

http://www.ricedata.cn/index.htm
国家水稻数据中心
https://omictools.com/bgi-ris-tool
BGI-RIS：水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
粳稻日本晴基因组注释计划
http://rice.plantbiology.msu.edu/
粳稻日本晴基因组注释计划
http://redb.ncpgr.cn/
水稻EST数据库
http://rmd.ncpgr.cn/
水稻突变体数据库
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
水稻功能基因组表达数据库
https://tos.nias.affrc.go.jp/
水稻逆转座子Tos17插入突变数据库
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
水稻T-DNA插入突变数据库
http://server.ncgr.ac.cn/ricd/
籼稻cDNA数据库
https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/
水稻遗传学和基因组学数据库
https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/
水稻基因共表达数据库
https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/
水稻糖基转移酶数据库
http://rice.hzau.edu.cn/rice/
籼稻基因组的综合生物信息学平台
https://www.genome.arizona.edu/cgi-bin/rite/index.cgi
稻属和假稻属的重复序列和转座因子（TEs）数据库
https://ricexpro.dna.affrc.go.jp/index.html
水稻表达谱数据库
http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/
水稻基因组变异及其功能注释综合数据库
https://snpseek.irri.org/index.zul
水稻SNP检索数据库
http://funricegenes.ncpgr.cn/
水稻已克隆基因的数据库
http://ibi.zju.edu.cn/ricerelativesgd/
水稻相关物种基因组数据库
http://www.elabcaas.cn/rice/index.html
水稻专属的表观组学数据库

其他重要植物

http://www.wheatgenome.org/
小麦基因组信息数据库
https://www.wheatgmap.org/
小麦基因图谱和数据共享的综合基因组平台
http://wheat.cau.edu.cn/TGT/
小麦族同源基因数据库
https://wheatproteome.org/
小麦蛋白质组数据库
http://202.194.139.32/
小麦组学大数据可视化 站
http://wheat.pw.usda.gov
小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库
http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/
小麦及其祖先的基因组变异数据库
http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi
大麦种质资源和基因组分析数据库
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f=284:10::::::
大麦基因组资源平台
http://maize.jcvi.org/
玉米基因组数据库
https://www.maizegdb.org/
玉米基因组和遗传分析平台
https://www.panzea.org/
玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库
http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/
玉米多组学基因 络分析平台
http://www.zeamap.com/
适应玉米多组学时代的综合数据库
https://soybase.org/
大豆基因组学和分子生物学数据库
http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi
大豆蛋白质组数据库
http://www.ildis.org/LegumeWeb/
国际豆科植物数据库和信息服务
https://www.cottongen.org/
棉花基因组学，遗传学和育种数据库
http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/
棉花功能基因组学数据分析平台
http://magen.whu.edu.cn/
锦葵科比较基因组数据库
http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/
二倍体和多倍体棉花基因 络与功能模块比较分析平台
http://ted.bti.cornell.edu/
番茄功能基因组数据库
https://www.inetbio.org/tomatonet/
番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同 络平台
http://ted.bti.cornell.edu/epigenome/
番茄表观基因组数据库
http://tea.solgenomics.net/
番茄基因及其产物的高分辨率图谱和搜索工具
http://tomexpress.toulouse.inra.fr/
番茄转录组数据可视化和分析平台
https://solgenomics.net/
茄科物种基因组测序数据库
http://tropgenedb.cirad.fr/
管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库
http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml
药用植物基因组和代谢组资源库
http://gabipd.org/projects/Pomamo/
马铃薯生物信息数据库
http://vitisgdb.ynau.edu.cn/
葡萄育种和遗传信息综合数据库
http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/
高梁功能基因组学数据库
http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/
谷子功能基因组学数据库
http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/
辣椒基因组信息数据库
https://www.inetbio.org/wheatnet/
面包小麦的全基因组规模功能基因 络数据库
http://brassicadb.org/brad/
重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库 http://rapeseed.biocloud.net/home
油菜种质资源遗传信息共享平台 站
http://cbi.hzau.edu.cn/bnapus
甘蓝型油菜泛基因组数据库
http://www.brassicagenome.net/
芸苔属作物基因组数据库
http://cucurbitgenomics.org/
葫芦科植物基因组数据库
http://coffee-genome.org/
咖啡基因组学、遗传学、育种数据和分析工具
http://tropgenedb.cirad.fr/tropgene/JSP/index.jsp
管理热带作物基因组，遗传和表型信息的数据库
https://www.rosaceae.org/
蔷薇科植物基因组数据库

可用于植物研究的生信工具

植物研究专用工具

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