linux系统为centos7.0
一、linux安装AutoDockTools（MGLTools）
按照下面操作安装AutoDockTools（MGLTools）
1. 下载安装包，链接（https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/），我的linux系统是64位，下载红色标记，拷贝入linux目标文件夹下（建议在桌面或者Home目录下新建一个放软件包的文件夹）。
2. shell终端进行安装：
a. 终端进入安装包所在文件夹，并获取root权限；赋予代码安装权限；
b. 运行安装：
c. 配置环境变量：
export PATH=$PATH:/home/Carlos/MGLTools-1.5.6/bin #写入bashrc文件保存
刷新应用环境变量
d. 测试如下：
表明可以正常打开，安装完成，如果 错，请看d
e. 错可能是某些必须库或者运行环境缺失，根据提示安装即可，比如我的centos7.0系统就缺少mesa-libGLU，所以需要补充安装，通过下面命令安装，最后再次运行adt即可成功。
二、linux安装AutoGrid和AutoDock包
1. 下载安装包，链接（https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/Download AutoDock4 – AutoDockhttps://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/），下载红色标记，拷贝入linux目标文件夹下。
2. 解压压缩包，通过tar -xvf autodocksuite-4.2.6-x86_64Linux2.tar解压,得到文件夹里含有autogrid4和autodock4文件，由于该软件已经提前编译，可直接使用：
每次需要将计算文件和该程序放在一个文件夹下，用下面方法调用：
调用grid： ./autogrid4 -p xxx.gpf -l xxx.glg
调用dock：./autodock4 -p xxx.gpf -l xxx.glg
不过，为了方便使用，强烈建议将其放入命令根目录，即把它们转移到/usr/bin路径下即可。以后每次调用就可以直接通过：
（调用grid： autogrid4 -p xxx.gpf -l xxx.glg
调用dock：autodock4 -p xxx.gpf -l xxx.glg）
三、分子对接计算细节
1. 提前准备：
a. Protein：蛋白受体，全球最大的蛋白质晶体结构数据库为RCSB PDB数据库（RCSB PDB: Homepage），PDB数据库是目前最主要的收集生物大分子结构的数据库，是通过X-Ray射线单晶衍射、NMR核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。是目前全球结构信息最全、最权威和公认度最高的晶体类数据库。
这里以MYOSIN-9蛋白为例，下载pdb格式结构方法如下：
b.ligand： 配体小分子，这里以富勒烯衍生物（富勒烯的典型衍生物）为例，也可自己随意准备一个小分子，这里就不提供我的分子坐标信息。至此已经准备好受体分子和配体小分子。
c. 使用PyMol软件处理主体分子和受体分子，最新版本，PyMol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官 申请最新教育版本，一个非常简单的申请即可获取lic文件（PyMOL | pymol.org），同时pymo的开源版（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source），可以直接从 站上下载，但是版本较老。所以，根据需求选择版本进行下载。注意：这里还需要安装python3.0以上版本的python（Welcome to Python.org），自行安装，和普通软件安装无异。
2. 处理受体分子和配体分子
a. 受体分子
这里可以直接用Pymol打开我们下载的pdb格式的分子结构文件，如果是PDB数据库的蛋白，也可以通过命令下载。是蛋白的 PDB ID。回车后就会在可视化窗口看见我们的蛋白结构。
安装后，首先我们打开pyMOL这个软件：
通过file→open打开蛋白分子，需要查看蛋白的序列，在软件的右下角点一下S，就出来了。或者从菜单栏Display里勾选Sequence，可以调整蛋白不合理结构和单元，比如，去掉水分子，去掉无多余氧原子，去掉水分子等，这里主要去掉多余氧原子和水分子（注意：如果有金属离子，或者貌似多余的无机离子，需要根据实际情况选择去除，如果该部分是该蛋白的组成部分，不能去除。），在序列上选择需要去掉的氧原子和水分子，右键，选择remove即可去掉，其它同理：
处理完后，保存为新的pdb文件：file→export molecule→save→命名.pdb
打开安装好的Autodocktools（MGTools），file→read molecule读入分子，然后是加氢，因为从pdb数据库中下载蛋白质晶体结构是没有氢原子的，所以我们需要把氢原子加上，这一步是必须的。注意这里加氢是全氢。
↓
继而保存为受体分子，pdbqt文件：
↓
↓
视窗删除分子以便后续操作：
b. 配体分子
配体分子（默认已经是已经优化后结构，如果没有优化或者还没制作，可以先通过chemioffce、gaussview、chemdraw等绘制配体分子的三维结构。再通过量化计算软件如高斯、MS、VASP甚至是chembio3d等进行结构优化，最后保存成后缀为.mol2或者.pdb的文件），这里提供一个已经优化后的小分子坐标，复制粘贴入文本，修改后缀为.pdb即可。
继而载入分子：file→read molecule→选择配体分子
给配体分子加root：
点击Ligand→input→choose→选择分子→ok
点击ligand→torsion tree→detect root：这一步是软件自动判定配体的root
点击ligand→torsion tree→choose torsion：这一步是软件自动判定可扭转的键，其中红色表示不可旋转的键（无法手动改变），绿色表示可旋转键，紫色表示不可旋转，如果要将键切换可旋转和不可旋转，按住shift键后单击对应键即可（颜色会在绿色和紫色间切换），完成后点击”done”。
root完毕后ligand→output→保存为pdbqt格式！退出或者删除当前视窗分子
c. 生成受体 络（Grid设置）并运行
导入受体：Grid→macromolecule→open→选择蛋白质分子
导入配体：Grid→set map types→open legand→选择配体分子
Grid→Grid box（点击之前需要将配体分子移到蛋白质分子外面，移动方法：点击Dejavu GUI→root加 →选择配体分子，Perferences把勾 点掉，右键鼠标移动，完成后把勾 恢复）
Grid box，调节红绿蓝，使盒子把蛋白质包住，点击spacing放大缩小：根据经验或者文献 道，存在相互作用的基团或者活性位点为考察对象，设置的盒子需要将其囊括在其中。若是未知，可以将蛋白完全包裹。
保存盒子参数：File→close saving current
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