利用MEGA做序列比对

MEGA是Molecular Evolutionary Genetics Analysis的英文简称，MEGA是一款功能强大、操作简单，图形化界面的应用于分子进化遗传学分析的软件。

1993年，MEGA首次发布，2021年7月，马上到而立之年的MEGA发布了第11版，也是目前（2022年1月）的最新版本。

下载安装

将存放着序列信息的fasta格式文件拖拽到MEGA程序中，选择align。

没问题，点击上方菜单栏Alignment下的Align by ClustalW/MUSCLE或者点击下方的W /均可。

比对好了，再返回DNA Sequences窗口，大致浏览一下，符合预期。

选择左上角的Data菜单栏，选择Save Session，保存为用于后续分析的.mas格式，也可以选择Export Alignment，再选择FASTA Format，将原始杂乱的序列保存为比对好的序列。