FSL之bet颅骨剥离

本篇主要介绍bet的用法,在此之前需要安装FSL软件,教程见FSL安装

颅骨剥离(bet)

在进行大脑MRI图像研究时,常常会专注某个区域,FSL的bet则是一个提取大脑的算法,当然某些其他软件也有这个功能。算法会去除脖子、眼球等不相干的图像。

一 、图形界面操作

开始实际操作,终端输出启动软件界面如下

bet算法通常就选这两个其中之一。一个标准算法,一个鲁棒算法

二、命令行操作

如果要批量提取大脑就需要使用命令行

liunx命令: (终端输入bet可以查看更多参数应用)

AD_1.nii.gz:原始图像路径
AD_1_brain:为剥离后的图像路径(自己设置)
-o:表示额外生成AD_1_brain_overlay.nii.gz边界叠加在原图上,用于检查效果(如果不用检查也可以去掉这个参数)。
-R:应用鲁棒bet算法

会写shell脚本就可以使用上面的命令批量处理数据了

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