利用VARNA来画tRNA的二级结构

1 tRNA的结构与功能

转运RNA（Transfer RNA），简称为tRNA，是由70~90个核苷酸组成的单链，tRNA的一级结构就是核苷酸的排列顺序，通过折叠形成二级结构，三叶草状。它是在细胞核中一小部分DNA上合成的，罗伯特·W·霍利在1965年提出了tRNA的三叶草模型，三叶草有三个褶皱，四个臂，即反密码子臂（anticodon arm），D臂（d arm），TΨC臂（tc arm）和氨基酸受体臂（amino acid acceptor arm）。除了这四个臂，还有一个可变臂（variable arm），呈弓形。

3 下载安装

3.1 Java环境的下载安装

进入官 后，点击左上方的Downloads，如果电脑还没有安装java的话，可以点击当前页面的Requirments后紧跟的那段话的最后标有颜色的超链接，Sun’s JAVA site。

再重新点击该程序就能进去了。

4 运行

将tRNA的序列放到最上方Seq文本框中，将tRNA二级结构预测的结果填在下方Str文本框中。

tRNA二级结构的预测可以利用在线软件tRNAscan-SE或者ARWEN来完成。

Seq文本框中用来存放tRNA的序列，碱基组成为AUCG，但从基因组中直接提取出来的序列的碱基组成为ATCG，碱基的替换可以通过dna2rna.py这个python脚本来批量实现。

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