图 1. 8株几丁质降解菌的培养特征
二、16S rRNA序列分析
纯化后的菌株,通过16SrRNA基因测序,然后对其序列进行比对分析,发现它们属于不同属的菌株。它们分别与Flavobacterium oceanosedimentum,Dactylosporangium salmoneum,Brevibacillus borstelensis,Sphingomonas koreensis,Paenibacillus odorifer,Cellulomonas flavigena,Stenotrophomonas panacihumi和Bacillus cereu 相似度最高,相似度均大于97%(表1)。其中黄杆菌属Flavobacterium、指孢囊菌属Dactylosporangium和纤维单胞菌属Cellulomonas属于放线菌菌门,鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas和寡养单胞菌属Stenotrophomonas属于变形菌门,短芽孢杆菌属Brevibacillus、类芽孢杆菌属Paenibacillus和芽孢杆菌属Bacillus属于厚壁菌门 (图2)。
表1. 8 株几丁质降解菌16S rRNA 的序列在GenBank中的比对结果
菌株编 Strains |
相似性最高菌株 Most similar strain in NCBI |
GenBank登录 Accession number |
相似性 Similarity (%) |
chi-1 |
Flavobacterium oceanosedimentum |
EF592577 |
99.7 |
chi-2 |
Dactylosporangium salmoneum |
FJ973607 |
99.5 |
chi-3 |
Brevibacillus borstelensis |
D78456 |
98.2 |
chi-4 |
Sphingomonas koreensis |
AF131296 |
98.3 |
chi-5 |
Paenibacillus odorifer |
CP009428 |
99.5 |
an-chi-1 |
Cellulomonas flavigena |
CP001964 |
98.3 |
an-chi-2 |
Stenotrophomonas panacihumi |
GQ856217 |
99.6 |
an-chi-3 |
Bacillus cereus |
AE016877 |
99.4 |
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”

声明:本站部分文章及图片源自用户投稿,如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢!