Mutmap定位拟南芥的基因

mutmap 定位基因也是基于BSA的方法，之前一篇博客 BSA分析拟南芥F2代分离群体混池测序 是做的突变体也野生型杂交后代中F2选择极端个体，加亲本进行测序分析的一篇流程。上篇中的数据也可以用mutmap 分析，仅仅才用野生型亲本测序的数据，和后代突变类型混池的数据即可。方法和上边的类似，也是计算每个SNP等位基因的频率。只不过这里另一个极端混池用亲本表示了，因为极端个体的标记和基因型都是趋于亲本类型的。mutmap 可以直接使用fastq 文件，一次性做出来结果，也可以用bam文件等中间文件进行。在这里为了方便节省原始数据质控等步骤，我才用上篇实践中的bam 文件进行分析。

2. 分析

3，作图

使用mutmap分析的结果和上边BSA分析的结果一致，候选基因位于5 染色体上。 mutmap使用的是bcftools call 的SNP，最终获得的SNP数量较少，一共是9000多，上一篇实践中，我使用GATKcall 的SNP和INDEL，数量上较多一点。