蛋白质结构预测

一、 题目要求

分别三种不同的方法（如采用基于信息论的GOR IV方法，Jpred，PSIPRED，SOPMA和神经 络方法PHD/Jnet（具体软件自己选））对给定蛋白序列做结构预测，结果输出并注释。重点说明不同方法预测结果有哪些不一样什么br> 序列文件：
>gi|19924159|ref|NP_003787.2| unconventional prefoldin RPB5 interactor 1 isoform a [Homo sapiens]
MEAPTVETPPDPSPPSAPAPALVPLRAPDVARLREEQEKVVTNCQERIQHWKKVDNDYNALRERLSTLPD
KLSYNIMVPFGPFAFMPGKLVHTNEVTVLLGDNWFAKCSAKQAVGLVEHRKEHVRKTIDDLKKVMKNFES
RVEFTEDLQKMSDAAGDIVDIREEIKCDFEFKAKHRIAHKPHSKPKTSDIFEADIANDVKSKDLLADKEL
WARLEELERQEELLGELDSKPDTVIANGEDTTSSEEEKEDRNTNVNAMHQVTDSHTPCHKDVASSEPFSG
QVNSQLNCSVNGSSSYHSDDDDDDDDDDDDDNIDDDDGDNDHEALGVGDNSIPTIYFSHTVEPKRVRINT
GKNTTLKFSEKKEEAKRKRKNSTGSGHSAQELPTIRTPADIYRAFVDVVNGEYVPRKSILKSRSRENSVC
SDTSESSAAEFDDRRGVLRSISCEEATCSDTSESILEEEPQENQKKLLPLSVTPEAFSGTVIEKEFVSPS
LTPPPAIAHPALPTIPERKEVLLEASEETGKRVSKFKAARLQQKD

二、 操作过程记录及结果

Jpred预测

首先，进入Jpred4输入序列，可以发现PDB数据库内存在已知结构，继续预测。

GOR

是一种基于信息论和贝叶斯统计学的方法，方法的名称以三个发明人姓名的第一个字母组合而成（Garnier, Osguthorpe, Robson）。GOR将蛋白质序列当作一连串的信息值来处理 GOR方法不仅考虑被预测位置本身氨基酸残基种类的影响，而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响。

SOPMA

总结

综上，三种方法预测出来结果大体相似，都测出无规卷曲所占的二级结构较高，小部分细微差异是由算法内部的原理和运行细节造成。主要体现在：各个成分的比例有所不同。并且其中Jpred看不出来结构的具体细节，比如没有延伸链，还有就是SOPMA预测出了β转角，预测出的结构类型是最丰富的。GOR还没有β转角。

而算法部分，目前大部分蛋白质二级结构预测都采用了神经 络，因此需要花费一些功夫，找到不使用神经 络的预测算法
上述三种算法简介：

• JPred：神经 络
• GOR：信息论和贝叶斯统计学
• SOPMA：多种独立的算法进行预测，然后整合结果