蛋白质结构预测

蛋白质结构预测

一、 题目要求

分别三种不同的方法(如采用基于信息论的GOR IV方法,Jpred,PSIPRED,SOPMA和神经 络方法PHD/Jnet(具体软件自己选))对给定蛋白序列做结构预测,结果输出并注释。重点说明不同方法预测结果有哪些不一样什么br> 序列文件:
>gi|19924159|ref|NP_003787.2| unconventional prefoldin RPB5 interactor 1 isoform a [Homo sapiens]
MEAPTVETPPDPSPPSAPAPALVPLRAPDVARLREEQEKVVTNCQERIQHWKKVDNDYNALRERLSTLPD
KLSYNIMVPFGPFAFMPGKLVHTNEVTVLLGDNWFAKCSAKQAVGLVEHRKEHVRKTIDDLKKVMKNFES
RVEFTEDLQKMSDAAGDIVDIREEIKCDFEFKAKHRIAHKPHSKPKTSDIFEADIANDVKSKDLLADKEL
WARLEELERQEELLGELDSKPDTVIANGEDTTSSEEEKEDRNTNVNAMHQVTDSHTPCHKDVASSEPFSG
QVNSQLNCSVNGSSSYHSDDDDDDDDDDDDDNIDDDDGDNDHEALGVGDNSIPTIYFSHTVEPKRVRINT
GKNTTLKFSEKKEEAKRKRKNSTGSGHSAQELPTIRTPADIYRAFVDVVNGEYVPRKSILKSRSRENSVC
SDTSESSAAEFDDRRGVLRSISCEEATCSDTSESILEEEPQENQKKLLPLSVTPEAFSGTVIEKEFVSPS
LTPPPAIAHPALPTIPERKEVLLEASEETGKRVSKFKAARLQQKD

二、 操作过程记录及结果

Jpred预测

首先,进入Jpred4输入序列,可以发现PDB数据库内存在已知结构,继续预测。

GOR

是一种基于信息论和贝叶斯统计学的方法,方法的名称以三个发明人姓名的第一个字母组合而成(Garnier, Osguthorpe, Robson)。GOR将蛋白质序列当作一连串的信息值来处理 GOR方法不仅考虑被预测位置本身氨基酸残基种类的影响,而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响。

SOPMA

蛋白质结构预测

总结

综上,三种方法预测出来结果大体相似,都测出无规卷曲所占的二级结构较高,小部分细微差异是由算法内部的原理和运行细节造成。主要体现在:各个成分的比例有所不同。并且其中Jpred看不出来结构的具体细节,比如没有延伸链,还有就是SOPMA预测出了β转角,预测出的结构类型是最丰富的。GOR还没有β转角。

而算法部分,目前大部分蛋白质二级结构预测都采用了神经 络,因此需要花费一些功夫,找到不使用神经 络的预测算法
上述三种算法简介:

  • JPred:神经 络
  • GOR:信息论和贝叶斯统计学
  • SOPMA:多种独立的算法进行预测,然后整合结果

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