利用Gephi软件绘制 络图

文章目录

• • 利用Gephi软件绘制 络图
  • • 1. 生成物种相关性矩阵
    • 2. Gephi生成点、边文件
    • 3. 点、边文件注释
    • 4. 络点、边美化
    • 5. 络属性、预览和标签
  • 参考文献
  • 猜你喜欢
  • 写在后面

利用Gephi软件绘制 络图

1. 生成物种相关性矩阵

此步骤需要在R语言环境下运行，依赖psych包，输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵，示例如下。

从官 https://gephi.org/下载安装Gephi 0.9.2

打开Gephi 0.9.2，点击“文件-打开”，选择“FH_CK_0.05_occor.csv”文件打开。

图的类型，选择“无向的”

点击“数据资料”，出现节点和边的信息，点击数据表格左上角“节点”，然后点击“输出表格”，输出点文件。点击“边”，然后点击“输出表格”，输出边文件。

打开边文件，可添加正负属性等：

图的类型，选择“无向的”

选择“Append to existing workspace”

在“外观”中，点击“节点”，“颜色”，“Partition”，选择”Phylum”，点击应用。即以颜色区别不同节点的门分类

在“外观”中，点击“边”，“颜色”，“Partition”，，选择”pn”，点击应用。即以颜色区分边的正负。

在“预览”界面，点击“刷新”，可显示最终的图形

参考文献

1. Gephi快速入门指南 https://wenku.baidu.com/view/29328a9f19e8b8f67d1cb92d.html
2. Gephi 入门使用 https://blog.csdn.net/qq_35318838/article/details/79820923
3. Gephi官方帮助 https://gephi.org/users/
4. 一文学会 络分析——Co-occurrence 络图在R中的实现 https://mp.weixin.qq.com/s/s-Si_s5pk7EF5gueqruBRQ

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