cytoscape使用方法_一 打尽：cytoscape详细教程

目录简介

1、cytoscape简介

2、cytoscape使用举例

3、图形美化

4、子 提取

5、String-蛋白质相互作用数据库

建议阅读时间：20分钟。

一、Cytoscape——简介

Cytoscape 是一个专注于开源 络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询 络，并依据基本的数据的结合成可视化 络。

Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互 络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。

通过Cytoscape，可以在可视化的环境下将这些生物 络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些 络跟功能注释数据库链接在一起。

Cytoscape 的核心是 络，简单的 络图包括节点(node)和边(edge)，每个节点可以是基因、miNRA或蛋白质等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋白与蛋白相互作用(pp)，DNA与蛋白相互作用(pd)等。

注：Cytoscape安装前需安装Java

主页面

注：版本为cytoscape_3.5.1

其中不同标识代表着不同的含义

导入节点属性文件：file->import->table->file(node.txt)(此处为table而非network)

注：node.txt：节点属性文件。四列，包含三种属性；第一列为gene id，与 络文件中一致，第二列为gene name(symbol)，第三列为分子类型(蛋白编码基因/lncRNA)，第四列为节点在 络中的度。

可以通过style中进行简单 络图格式设置

也可以自行拖拽进行微调

导出文件：数据的导出可以是 络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，在工具栏中对应选择即可

点击菜单栏的图片导出*.pdf(同样可以采用export导出其它格式)

得到 络图

点击 络处理面板中style->node->fill color进行设置点的颜色Column选择“molecluar type”和Mapping Type选择“Discrete Mapping”，并将lncRNA与protein设置成两种颜色区分

同样可以对点进行类似的细化设置(根据下列参数进行设置)

注：可以双击灰色图标进行设置其它颜色，点击set min and max 设置数值，双击图形右上角的倒三角选择最大值显示的颜色；同样双击左上角倒三角选择最小值的颜色；如果需要增加图注，可点击“Add”按钮

同样也可以对边进行细化设置

最后再调整“Layout”得到满意的图

最后点击菜单栏的图片导出*.pdf(同样可以采用export导出其它格式)

注：注意调整 络图后再保存，否则会出现 络图不完整

四、子 提取

导入文件：file->import->network->file(ppi.txt)(HPRD中处理后的文件)

同样可对子 进行修饰

如：改变节点颜色性质并将蛋白质换成对应的gene symbol(label中设置)

分析后得到5个子

对创建到主图的子图进行修饰

按照蛋白质名称，氨基酸序列等信息进行检索某个特定的蛋白质相互作用的其他蛋白质

例如：TP53 人类，选择人类

圆圈代表蛋白质，点击圆圈可以查看蛋白质相关信息

Setting中可以设置 络边代表的意义

evidence：不同颜色的线表示不同证据

confidence：两个蛋白质相互作用越强连线越粗

actions：不同颜色和形状的线表示不同的作用

cluster聚类

还可以对 络进行分析、视图放大缩小或保存

输入某些蛋白质名称或氨基酸序列，检索其相互作用关系

String与Cytoscape联用

将String的蛋白互作数据下载到Cytoscape本地中

Cytoscape中apps->stringApp

以TP53为例，选择score为0.2，连接的基因最大为80个。

例如重新调整confidence score

可以进一步保存修改调整 络

相关资源：世新砸蛋抽奖软件V2.3.10官方安装版-其它代码类资源-CSDN文库