科研干货｜BRIG绘制原核生物比较基因组圈图

BRIG是一款功能强大的分析及可视化软件，操作简单，界面友好，能够在一张图中展示近百个基因组比较结果。BRIG是由Java1.6编写的，使用BLAST进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。

先来康康BRIG做的图，是不是您的比较基因组分析所需要的吧：

一、软件下载：Java，BLAST以及BRIG1.1

1.1 Java下载，根据自己电脑下载对应的java

https://www.java.com/zh-CN/download/manual.jsp

1.2 BLAST下载，可选择blast的版本，一般版本都可以。

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/

Java和BLAST+，简单安装后即可使用，将Java和BLAST+添加到环境变量中，可以在windows高级系统设置中的环境变量进行设置。

1.3 BRIG1.1下载

下载地址：http://sourceforge.net/projects/brig/

BRIG-0.95-dist.zip解压后。点击BRIG.jar即可使用

点击后运行界面就如下图所示

二 、数据准备

在这里以细菌为例，一般选择完成图，如果是草图需要合并成一条fasta序列，在这里我们以为例，准备一株菌当做参考基因组，并下载Genbank文件。

三、软件使用

3.1 通过Preferences >BRIG options，设置blast软件路径,点击Save settings as default，如下图所示

注：Pesferences选项下的 Image options，如果后面出图不完整，可以设置Height和width，改到合适的大小后save&close

3.2 选择分析参考基因组，单击Add to data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIG data pool，单击next

3.3 点击next后，出现界面如下如所示，需要设置每一圈信息

3.3.1 设置第一圈，即Ring1 ，Ring1一般为GC_Skew

3.3.2 设置第二圈，即Ring2，Ring2一般为GC content

3.3.3 设置第第三圈及其余圈 ,和第二圈的操作是一样的，我这边就以第三圈为例

3.3.4 最终设置后的界面如下

如果不需要最完全注释信息，可以点击next，出现一下以下界面，设置后，点击提交即可。

简单的图就出来啦~~~图就出来啦~~~

四、添加注释信息

在这里我们主要操作展示添加Genbank的注释信息方法：

4.1 设置注释信息

4.2 完成后点击close，然后点击next，出现一下以下界面，设置后，点击提交即可。

好啦，今天分享的BRIG绘制圈图寄到这里啦！心动不如行动，各位老师们操练起来吧！

参考文献

[1] Alikhan N F , Petty N K , Zakour N , et al. BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons[J]. Bmc Genomics, 2011, 12