Nature子刊：纳米孔测序技术、生物信息学及应用（综述）
Nature Biotechnology——[54.908]
【主编评语】
2021年11月8日，美国俄亥俄州立大学（Ohio State University）区健辉（Kin Fai Au）研究组在Nature Biotechnology在线发表综述论文Nanopore sequencing technology, bioinformatics and applications，该文章系统全面地回顾总结了纳米孔测序技术的发展历史、技术原理、数据特征、生物信息学分析方法以及广泛的应用， 同时也指出了目前存在的问题。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
【原文信息】
Nanopore sequencing technology, bioinformatics and applications
2021-11-08, doi: 10.1038/s41587-021-01108-x
陈卫华+赵兴明+赫丽杰：实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2
Nucleic Acids Research——[16.971]
GMrepo v2（肠道菌群的数据存储库） 包含 353 个项目和 71,642 个测序样本，与之前的版本相比显著增加； 这些样本中，分别通过 16S rRNA基因扩增子和随机宏基因组测序获得 45,111 和 26,531 个，表型数量从 92 个增加到 133 个，还引入疾病标志物识别和跨项目/表型比较； 首先为选定的项目确定两种表型（例如健康与疾病）之间的疾病标志物，然后比较跨数据集的每个表型对的已识别标记，并提供一个以标记为中心的视图。
【主编评语】
【原文信息】
GMrepo v2: a curated human gut microbiome database with special focus on disease markers and cross-dataset comparison
2021-11-12, doi: 10.1093/nar/gkab1019
张和平+张文羿+左永春：机器学习平台iProbiotics助力益生菌快速筛选
Briefings in Bioinformatics——[11.622]
从益生菌数据库（PROBIO）和文献检索到239个益生菌和412个非益生菌菌株基因组序列，对其进行k-mer（2-8）分析，识别到益生菌多于非益生菌基因组特征（P-特征）； 筛出184个核心特征构建模型，10倍交叉验证中预测精度和AUC值达97.77%，98.00%； 对多个数据库注释及宿主胃肠道存活和碳水化合物利用基因分析，发现P-特征偏向益生菌功能相关基因/途径分布； 分析核心K-mers耐药和毒力因子编码基因，发现益生菌效应由K-mer基因组组合决定。
【主编评语】
【原文信息】
iProbiotics: a machine learning platform for rapid identification of probiotic properties from whole-genome primary sequences
2021-11-27, doi: 10.1093/bib/bbab477
国内团队：用于菌群关联分析的R包-MZINBVA
Briefings in Bioinformatics——[11.622]
【主编评语】
【原文信息】
MZINBVA: variational approximation for multilevel zero-inflated negative-binomial models for association analysis in microbiome surveys
2021-10-26, doi: 10.1093/bib/bbab443
ARTS-DB：抗生素抗性靶标数据库
Nucleic Acids Research——[16.971]
抗生素抗性靶标搜寻器（ARTS）数据库使用靶向基因组挖掘（TDGM ）方法，优先考虑编码潜在新型抗生素的生物合成基因簇（BGC）； ARTS数据库提供了超过 70,000 个基因组和宏基因组组装基因组的预先计算的 ARTS 结果； 高级搜索查询允许用户快速探索 TDGM 的基本标准，例如基本管家基因的 BGC 邻近、复制和水平基因转移； 此外，ARTS 数据库提供了整个细菌界相互关联的结果，以及与天然产物研究中已知数据库的链接。
【主编评语】
【原文信息】
ARTS-DB: a database for antibiotic resistant targets
2021-10-28, doi: 10.1093/nar/gkab940
中国农大团队：鸡肠道菌群的参考基因组和基因集用于解析耐药基因
Communications Biology——[6.268]
【主编评语】
中国农业大学胡永飞团队在Communications Biology发表研究，结合来自中国和欧洲国家的鸡肠道菌群的宏基因组数据，构建了一个完整的鸡肠道菌群参考基因集和基因组集，并使用多种生物信息学工具和数据库对组装的基因和基因组集进行了注释和分析，同时还使用新组装的宏基因组组装基因组 (MAGs)和基因集对鸡肠道菌群中的耐药基因 (ARGs)进行了分析，并比较了鸡和人类肠道抗生素抗性组。这些整合的基因和基因组集资源对于更好地了解鸡肠道菌群的结构和功能至关重要。本研究提供了迄今为止最大的鸡肠道整合宏基因组数据集，并证明了其在探索鸡肠道菌群基因方面的价值。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
【原文信息】
Metagenome-assembled genomes and gene catalog from the chicken gut microbiome aid in deciphering antibiotic resistomes
2021-11-18, doi: 10.1038/s42003-021-02827-2
16S rRNA基因数据的变异识别软件HashSeq
mSystems——[6.496]
在这项研究中，研究人员利用基于 HashMap 的快速方法来检测六个公开可用的16S rRNA基因数据集中的序列变体； 使用正态分布结合局部估计的散点图平滑 (LOESS) 回归来估计背景错误率，作为单个序列簇的测序深度的函数； 这种方法在计算上是高效的，并且产生的推理产生了保守的并且被参考数据库很好地支持的变体集； 这种推理方法快速、简单且可扩展到大型数据集，并提供了一组高分辨率的序列变体，这些变体不太可能是测序错误的结果。
【主编评语】
【原文信息】
HashSeq: a Simple, Scalable, and Conservative Variant Caller for 16S rRNA Gene Data Sets
2021-11-09, doi: 10.1128/mSystems.00697-21
肠道菌群的定向高斯混合模型阐明微生物空间结构
mSystems——[6.496]
【主编评语】
【原文信息】
Directional Gaussian Mixture Models of the Gut Microbiome Elucidate Microbial Spatial Structure
2021-11-09, doi: 10.1128/mSystems.00817-21
新型多重扩增子测序法可实现污水中新冠病毒RNA的精确定量
Environmental Science & Technology Letters——[7.653]
ATOPlex 是华大智造(MGI)开发的多重PCR技术平台，通过使用多重混合引物捕获新冠病毒全基因组序列信息，可实现对低浓度病毒的富集和高通量测序； ATOPlex技术比常规的RT-qPCR更加灵敏，可实现更灵敏的病毒定量，可以更灵敏地检测污水中低浓度的病毒； RT-qPCR只能给出定量信息，然而ATOPlex测序技术能够尽可能的恢复病毒的基因组信息，从而准确、快速的对病毒变种进行溯源。
【主编评语】
澳大利亚昆士兰大学郭建华在Environmental Science & Technology Letters发表文章，介绍了一种基于多重扩增子的测序方法(Multiplexed Amplicon-based Sequencing) 来实现城市污水中SARS-CoV-2 RNA的精确检测，和常规的RT-qPCR相比，该方法不仅能够对新冠病毒进行高灵敏度检测，还能准确获取病毒载量信息和病毒基因组信息，利用这些信息可以对城市疫情流行程度进行判断并对大流行的新冠病毒变种进行溯源。此外，研究结果表明城市污水中的固相悬浮物或颗粒物中亦含有大量的SARS-CoV-2 RNA。该研究有望进一步推进基于污水流行病学在公共卫生应急方面的应用。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
【原文信息】
Novel Multiplexed Amplicon-Based Sequencing to Quantify SARS-CoV-2 RNA from Wastewater
2021-07-08, doi: 10.1021/acs.estlett.1c00408
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